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[交流] 【求助】VASP计算出错--新年第一帖

首先祝虫子们新年快乐啊。
我的计算环境如下：
我有两个Nodes，是HP的BL460c G7，配置是
Intel X5670 24G内存，两块20G的网卡。
我安装的系统的Debian-Lenny, 64bits
编译器是Intel的icc,ifort和MKL（version-11), 以及MPICH2。我已经
安装好VASP，才用Bewulf结构，但是计算中出现了问题：
1.如果我只在一个node上做计算（只启动一个node），采用mpirun，可以全速计算，MPI不会出现问题：
2.但是假如我同事启动两个，node0和node1（也就是两个node有数据交流时，不管用的核多少），我使用mpirun时，当POSCAR
或者说计算的super cell超过一定值时，就会报如下的错：
###################################################
Fatal error in MPI_Waitall: Other MPI error, error stack:
MPI_Waitall(261)..................: MPI_Waitall(count=46, req_array=0x7fffeeca46a0, status_array=0x7fffeeca4760) failed
MPIDI_CH3I_Progress(150)..........:
MPID_nem_mpich2_blocking_recv(948):
MPID_nem_tcp_connpoll(1709).......: Communication error
rank 23 in job 1  node0_55860 caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 23: killed by signal 9
###################################################举个例子,VASP的例子，关于水的优化：
O atom in a box
1.0       ! universal scaling parameters
8.0 0.0 0.0  ! lattice vector  a(1)
0.0 8.0 0.0  ! lattice vector  a(2)
0.0 0.0 8.0  ! lattice vector  a(3)
1          ! number of atoms
cart       ! positions in cartesian coordinates
0 0 0
当  “1.0       ! universal scaling parameters”，时，同时在两个nodes上计算（也就是两个node有数据交流时）会出错的，但是在一个node上不会。
但是当把“1.0       ! universal scaling parameters”中的“1”修改成0.5时，就不会。
我也测试过不管怎么样，当supercell超过4，就会出错。
我想这可能是我编译VASP时有问题啦，那位虫子能给点建议嘛？谢谢。。。

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1楼 2011-02-06 14:07:09

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引用回帖:

Originally posted by enola at 2011-02-06 14:07:09:
首先祝虫子们新年快乐啊。
我的计算环境如下：
我有两个Nodes，是HP的BL460c G7，配置是
Intel X5670 24G内存，两块20G的网卡。
我安装的系统的Debian-Lenny, 64bits
编译器是Intel的icc,ifort和MKL（versio ...

大家觉得DMPI_BLOCK会影响到vasp的计算吗？或者像我的编译一样，导致不稳定。。。谢谢。。。

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2楼2011-02-08 13:41:59

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