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木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】如何对PCR测序产物进行分析? 已有8人参与

最近在做某一基因的RT-PCR反应,取得了进展。产物送去测序,已将测序结果发给我了,但是我不知道如何从测序峰图中看出是否有突变?
我晓得最简单的办法就是对碱基序列进行对照,但是由于碱基数较多,,所以操作起来比较麻烦,不知道是否有较简单的方法?
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朝为田舍郎,暮登天子堂。将相本无种,男儿当自强。
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傻子

木虫 (正式写手)

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翱宇(金币+2): 谢谢交流 2011-02-12 21:10:11
PCR 产物直接测序是会产生在序列前后各100bp左右的测序结果不准确,那部分结果基本是不可读的,所以,你要确定你所需序列的位置,如果是靠近两端,建议连入载体测序或者重新设计引物,使所需序列在PCR产物的中间部分测序。同时PCR产物使用双向测序以保证准确,不知你测序的目的,是否要查找突变点,如果是的话,在测序后的矫正过程中要注意套风的辨认,并且需要连入载体多次验证测序。
序列分析的话,推荐DNAstar lasergene中的SeqMan,这个软件可以直接读取测序峰图进行比较,在手工矫正测序图的时候很方便,突变点也可以通过软件功能显示。
1984年中国制造,长173CM,净重64kg,采用人工智能,国家免检优质产品。
11楼2011-02-12 08:57:02
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

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dhd997(金币+2): good 2011-01-30 18:59:24
用软件进行比对啊
经典的bioedit到什么dnaman之类的都可以
2楼2011-01-29 17:58:17
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phoenix211

金虫 (小有名气)

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dhd997(金币+2): 谢谢交流 2011-01-30 19:00:33
用软件做就好了啊,我一般用DNAMAN和Clustal Raindy。非常方便。
3楼2011-01-29 23:41:22
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guoxingjun2008

金虫 (正式写手)

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dhd997(金币+3): good 2011-01-30 19:00:57
对头,但是不知道你是不是双向测序,如果是双向测序的话要用拼接软件拼接后再比对。
   另外我提醒一下你,不知道你PCR的时候用的普通Taq酶还是高保真Taq酶,如果是普通Taq酶的话,看突变是不科学的,因为普通Taq酶保真性不好,有渗入错误碱基的可能,所以最好是用Pfu!
4楼2011-01-30 14:49:01
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