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titanheart

铜虫 (小有名气)


[交流] 【求助】关于用DS药效团筛选数据库的问题

用建好的药效团筛选小分子数据库 遇到的问题
利用DS中的search 3D database 模块 进行筛选
以DS中自带的Minimaybridge数据库为例
参数默认,其中Maximum Hits 为300。
筛选得到300个分子,FitValue从6.97到0。
把Maximum Hits 改为 100 , 筛选得到100个分子,FitValue从 6.97到0.001
再次把Maximum Hits 改为 1000, 筛选得到782个分子,FitValue从 7.48到0
问题一:Maximum Hits 设置的不同,得到的结果差异很大。同一个分子在上述三种情况下的FitValue可能是不一样的,那我如何筛选化合物?对于不同大小的数据库,Maximum Hits 该怎么设置?

还有个现象:Minimaybridge数据库中编号是以A-Z的顺序排列的
Maximum Hits 为100时,得到的化合物编号是从AW--BTB
Maximum Hits 为300,得到的化合物编号是从AW--JFD
Maximum Hits 为1000,得到的化合物编号是从AW--XAX。
问题二:DS好像只会把符合某一药效团的前Maximum Hits(100,300,1000)数量的化合物筛选出来 ;并不是我一开始理解的对数据库中所有分子进行匹配,然后根据FitValue值进行排列。该如何操作,能让DS筛选数据库中每个分子对其FitValue进行排列??
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bamboosity

木虫 (著名写手)


★ ★ ★ ★ ★
titanheart(金币+5): 2011-02-09 20:53:40
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-02-09 21:17:54
回复问题一:这是一个综合性的问题,你的DS是哪个版本啊,Maximum Hits的确差异很大,关键是你如何你把握好,你参数的设置至关重要。不大好描述,你用心做吧,慢慢就明白了。

回复问题二:你把Maximum Hits设置大点就行了噻,结果出来就是按FitValue值排序的啊!
2楼2011-02-09 11:19:19
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chemozhang

木虫 (正式写手)


帖子真精彩!
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3楼2011-09-05 19:53:28
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