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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】关于用DS药效团筛选数据库的问题
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titanheart

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于用DS药效团筛选数据库的问题

用建好的药效团筛选小分子数据库 遇到的问题
利用DS中的search 3D database 模块 进行筛选
以DS中自带的Minimaybridge数据库为例
参数默认，其中Maximum Hits 为300。
筛选得到300个分子，FitValue从6.97到0。
把Maximum Hits 改为 100 ， 筛选得到100个分子，FitValue从 6.97到0.001
再次把Maximum Hits 改为 1000， 筛选得到782个分子，FitValue从 7.48到0
问题一：Maximum Hits 设置的不同，得到的结果差异很大。同一个分子在上述三种情况下的FitValue可能是不一样的，那我如何筛选化合物？对于不同大小的数据库，Maximum Hits 该怎么设置？

还有个现象：Minimaybridge数据库中编号是以A-Z的顺序排列的
Maximum Hits 为100时，得到的化合物编号是从AW--BTB
Maximum Hits 为300，得到的化合物编号是从AW--JFD
Maximum Hits 为1000，得到的化合物编号是从AW--XAX。
问题二：DS好像只会把符合某一药效团的前Maximum Hits（100,300,1000）数量的化合物筛选出来 ；并不是我一开始理解的对数据库中所有分子进行匹配，然后根据FitValue值进行排列。该如何操作，能让DS筛选数据库中每个分子对其FitValue进行排列？？
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1楼 2011-01-26 13:14:12
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bamboosity

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
titanheart(金币+5): 2011-02-09 20:53:40
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-02-09 21:17:54
回复问题一：这是一个综合性的问题，你的DS是哪个版本啊，Maximum Hits的确差异很大，关键是你如何你把握好，你参数的设置至关重要。不大好描述，你用心做吧，慢慢就明白了。

回复问题二：你把Maximum Hits设置大点就行了噻，结果出来就是按FitValue值排序的啊！
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2楼2011-02-09 11:19:19
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
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3楼2011-09-05 19:53:28
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