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【求助】关于用DS药效团筛选数据库的问题
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用建好的药效团筛选小分子数据库 遇到的问题 利用DS中的search 3D database 模块 进行筛选 以DS中自带的Minimaybridge数据库为例 参数默认,其中Maximum Hits 为300。 筛选得到300个分子,FitValue从6.97到0。 把Maximum Hits 改为 100 , 筛选得到100个分子,FitValue从 6.97到0.001 再次把Maximum Hits 改为 1000, 筛选得到782个分子,FitValue从 7.48到0 问题一:Maximum Hits 设置的不同,得到的结果差异很大。同一个分子在上述三种情况下的FitValue可能是不一样的,那我如何筛选化合物?对于不同大小的数据库,Maximum Hits 该怎么设置? 还有个现象:Minimaybridge数据库中编号是以A-Z的顺序排列的 Maximum Hits 为100时,得到的化合物编号是从AW--BTB Maximum Hits 为300,得到的化合物编号是从AW--JFD Maximum Hits 为1000,得到的化合物编号是从AW--XAX。 问题二:DS好像只会把符合某一药效团的前Maximum Hits(100,300,1000)数量的化合物筛选出来 ;并不是我一开始理解的对数据库中所有分子进行匹配,然后根据FitValue值进行排列。该如何操作,能让DS筛选数据库中每个分子对其FitValue进行排列?? |
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