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titanheart

铜虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】关于用DS药效团筛选数据库的问题

用建好的药效团筛选小分子数据库遇到的问题
利用DS中的search 3D database 模块进行筛选
以DS中自带的Minimaybridge数据库为例
参数默认，其中Maximum Hits 为300。
筛选得到300个分子，FitValue从6.97到0。
把Maximum Hits 改为 100 ，筛选得到100个分子，FitValue从 6.97到0.001
再次把Maximum Hits 改为 1000，筛选得到782个分子，FitValue从 7.48到0
问题一：Maximum Hits 设置的不同，得到的结果差异很大。同一个分子在上述三种情况下的FitValue可能是不一样的，那我如何筛选化合物？对于不同大小的数据库，Maximum Hits 该怎么设置？

还有个现象：Minimaybridge数据库中编号是以A-Z的顺序排列的
Maximum Hits 为100时，得到的化合物编号是从AW--BTB
Maximum Hits 为300，得到的化合物编号是从AW--JFD
Maximum Hits 为1000，得到的化合物编号是从AW--XAX。
问题二：DS好像只会把符合某一药效团的前Maximum Hits（100,300,1000）数量的化合物筛选出来；并不是我一开始理解的对数据库中所有分子进行匹配，然后根据FitValue值进行排列。该如何操作，能让DS筛选数据库中每个分子对其FitValue进行排列？？

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