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【求助】混乱结构怎么建模
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混乱结构怎么建模 结构中两个原子在同一位置上 abc都相同 建模是2怎么处理啊 谢谢 |
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2楼2011-01-24 17:12:28
4楼2011-01-24 19:05:37
★
dreamboat(金币+1):谢谢参与
dreamboat(金币+1):谢谢参与
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本帖内容被屏蔽 |
5楼2011-01-24 19:59:33
6楼2011-01-24 20:03:57
★ ★ ★ ★
dreamboat(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+3): 谢谢老兄指教，呵呵，多光顾第一版 2011-01-25 09:05:04
dreamboat(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+3): 谢谢老兄指教，呵呵，多光顾第一版 2011-01-25 09:05:04
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我还是没有看懂是什么问题. 你是说, 在晶体结构(或者干脆空间的任何一个位置)上, 有可能是A原子, 也有可能是B原子? 是不是? 如果你知道A和B原子的比例, 那么在构建的时候, 弄个Monte Carlo来做好啦, 随机占位. 当然, 如果你的体系弄得稍微大一些, 那么这样随机性带来的影响会小一些; 如果体系大了计算太耗时, 那么并行生成100个结构, 比较一下你关注的信息有没有质的变化. 当然也可以将性质对100个盒子进行平均. |
7楼2011-01-25 06:31:10
8楼2011-01-25 09:05:52
★ ★ ★ ★
dreamboat(金币+5): xiexie 2011-01-25 12:16:08
ellsaking(金币+4): 感谢详细说明~ 2011-01-25 14:12:32
dreamboat(金币+5): xiexie 2011-01-25 12:16:08
ellsaking(金币+4): 感谢详细说明~ 2011-01-25 14:12:32
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不清楚在MS中怎样做, 但是基本的步骤大概是这样的. 假设你有一个 50*50*50 angstrom的cubic盒子, 每边等分成50份, 每个小盒子 (1*1*1 angstrom) 的中心放置A或者B的COM (Center of Mass). 再假设你的体系中A和B的比例是1:1. 开始操作啦: (1) 生成三个随机数, R_x, R_y, R_z, 来选择对与哪个site (小盒子)赋值. 通过 (R_x)*50, 再取整, 可以知道X轴上是取哪个点, 同理, 得到Y和Z的值. 这样,要赋值的site (X, Y, Z) 确定. (2) 确定(1)中的site以后, 再生成一个随机数 R_s, 来判断该位置是放置A还是B. 如果是1:1, 那么如果 R_s 在 [0,0.5] 放A; [0.5,1.0] 放B. 同样, 如果A/B=a/b, 那么将[0,1]区间等比例(a+b)划分即可. 通过(1) 和 (2) 将第一个点的位置以及上面放置的原子确定了. (3) 重复步骤 (1) 和 (2), 需要注意的是, 这里你需要增加两个判断: 首先, 新site的(X, Y, Z) 不能和前面已经赋值的site重合. 如果重合, 那么再重新生成R_x, R_y, R_z; 其次, 统计累加一下每次 赋值A和B的数目, 确保最终的A和B的比例是按照你想要的. 如果你用MS的话, 那么将最终生成的坐标以及该坐标上的原子信息, 整合成MS的格式, 导入到MS就可以用了吧. 我觉得这个几乎就可以算是伪代码了吧? 无非你要循环调用随机数生成代码. |
9楼2011-01-25 10:28:42
10楼2011-02-08 16:46:20
11楼2011-02-10 01:18:19
12楼2011-02-13 03:48:00
13楼2011-02-13 10:48:52
在properties explorer中操作
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sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-02-13 19:54:22
dreamboat(金币+1): xiexie 2011-04-26 14:57:13
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-02-13 19:54:22
dreamboat(金币+1): xiexie 2011-04-26 14:57:13
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在properties explorer中操作 本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2826742&pid=882360&page=2#pid882360 |
14楼2011-02-13 10:50:29
15楼2011-02-14 08:49:19
16楼2011-02-15 14:53:30
17楼2011-02-15 17:41:08
简单回复
半熟的小苹果3楼
2011-01-24 17:29
dreamboat(金币+1):谢谢参与
