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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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dreamboat

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[交流] 【求助】混乱结构怎么建模

混乱结构怎么建模
结构中两个原子在同一位置上   abc都相同  建模是2怎么处理啊

谢谢
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1楼 2011-01-24 16:55:32
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sunyang1988

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★
dreamboat(金币+1):谢谢参与
楼主说的是混合占据的情况？
“建模是2怎么处理啊”
这句没看懂
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2楼2011-01-24 17:12:28
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dreamboat

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
建模是2怎么处理啊
这个 打错了
应该是  建模时怎么处理混合占据
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4楼2011-01-24 19:05:37
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zoujin129

实习版主
★
dreamboat(金币+1):谢谢参与
本帖内容被屏蔽
5楼2011-01-24 19:59:33
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sunyang1988

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢交流 2011-01-24 20:18:21
dreamboat(金币+1): 2011-01-24 20:43:30
混合占据的情况比较复杂，建议取较大的超胞考虑不同的占位情况多做几次计算
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6楼2011-01-24 20:03:57
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qphll

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★ ★
dreamboat(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+3): 谢谢老兄指教，呵呵，多光顾第一版 2011-01-25 09:05:04
引用回帖:
Originally posted by dreamboat at 2011-01-24 19:05:37:
建模是2怎么处理啊
这个 打错了
应该是  建模时怎么处理混合占据

我还是没有看懂是什么问题. 你是说, 在晶体结构(或者干脆空间的任何一个位置)上, 有可能是A原子, 也有可能是B原子? 是不是?

如果你知道A和B原子的比例, 那么在构建的时候, 弄个Monte Carlo来做好啦, 随机占位.

当然, 如果你的体系弄得稍微大一些, 那么这样随机性带来的影响会小一些; 如果体系大了计算太耗时, 那么并行生成100个结构, 比较一下你关注的信息有没有质的变化. 当然也可以将性质对100个盒子进行平均.
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7楼2011-01-25 06:31:10
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dreamboat

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2011-01-25 06:31:10:



我还是没有看懂是什么问题. 你是说, 在晶体结构(或者干脆空间的任何一个位置)上, 有可能是A原子, 也有可能是B原子? 是不是?

如果你知道A和B原子的比例, 那么在构建的时候, 弄个Monte Carlo来做好啦, 随机 ...

就是在同一位置上有可能是A也可能是B

你的意思是可以先用Monte Carlo建模，然后再在MS中计算吗
怎么弄啊
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8楼2011-01-25 09:05:52
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qphll

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★ ★
dreamboat(金币+5): xiexie 2011-01-25 12:16:08
ellsaking(金币+4): 感谢详细说明~ 2011-01-25 14:12:32
引用回帖:
Originally posted by dreamboat at 2011-01-25 09:05:52:



就是在同一位置上有可能是A也可能是B

你的意思是可以先用Monte Carlo建模，然后再在MS中计算吗
怎么弄啊

不清楚在MS中怎样做, 但是基本的步骤大概是这样的.

假设你有一个 50*50*50 angstrom的cubic盒子, 每边等分成50份, 每个小盒子 (1*1*1 angstrom) 的中心放置A或者B的COM (Center of Mass).

再假设你的体系中A和B的比例是1:1.

开始操作啦:

(1) 生成三个随机数, R_x, R_y, R_z, 来选择对与哪个site (小盒子)赋值.

通过 (R_x)*50, 再取整, 可以知道X轴上是取哪个点, 同理, 得到Y和Z的值.
这样,要赋值的site (X, Y, Z) 确定.

(2) 确定(1)中的site以后, 再生成一个随机数 R_s, 来判断该位置是放置A还是B.

如果是1:1, 那么如果 R_s 在 [0,0.5] 放A; [0.5,1.0] 放B.

同样, 如果A/B=a/b, 那么将[0,1]区间等比例(a+b)划分即可.

通过(1) 和 (2) 将第一个点的位置以及上面放置的原子确定了.

(3) 重复步骤 (1) 和 (2), 需要注意的是, 这里你需要增加两个判断: 首先, 新site的(X, Y, Z) 不能和前面已经赋值的site重合. 如果重合, 那么再重新生成R_x, R_y, R_z; 其次, 统计累加一下每次 赋值A和B的数目, 确保最终的A和B的比例是按照你想要的.



如果你用MS的话, 那么将最终生成的坐标以及该坐标上的原子信息, 整合成MS的格式, 导入到MS就可以用了吧.

我觉得这个几乎就可以算是伪代码了吧? 无非你要循环调用随机数生成代码.
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9楼2011-01-25 10:28:42
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boylc789

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★
dreamboat(金币+1):谢谢参与
没看明白
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10楼2011-02-08 16:46:20
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ferretl

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★
dreamboat(金币+1):谢谢参与
gzqdyouxia(金币+1): 谢谢交流 2011-02-10 09:10:36
老MS对混合态支持不好，不知道5.5怎么样
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11楼2011-02-10 01:18:19
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franch

禁虫
★
dreamboat(金币+1):谢谢参与
none  sense...
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12楼2011-02-13 03:48:00
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chdx0618

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

如下图

★ ★
dreamboat(金币+1):谢谢参与
dreamboat(金币+2): 看不到图啊！然后怎么操作呢？ 2011-02-13 11:02:39
sunyang1988(金币+1): 谢谢指点 2011-02-13 19:54:37

点击最下面的composition，
如图：


进行相关操作
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13楼2011-02-13 10:48:52
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chdx0618

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

在properties explorer中操作

★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-02-13 19:54:22
dreamboat(金币+1): xiexie 2011-04-26 14:57:13
在properties explorer中操作
本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2826742&pid=882360&page=2#pid882360
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14楼2011-02-13 10:50:29
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chdx0618

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★
dreamboat(金币+1): thanks 2011-02-14 09:59:49
zzy870720z(金币+1): 谢谢补充 2011-02-14 11:00:39
在properties explorer中，filter选atom，点击composition，相关操作
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15楼2011-02-14 08:49:19
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qijianqi

兑换贵宾

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★
dreamboat(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-02-15 17:37:29
MS不是可以设混合原子嘛，楼主算什么
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16楼2011-02-15 14:53:30
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frank_zhan

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★
dreamboat(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-02-15 22:57:11
可以用退火处理。
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17楼2011-02-15 17:41:08
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简单回复
半熟的小苹果3楼
2011-01-24 17:29  
dreamboat(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by dreamboat at 2011-01-24 16:55:32: 混乱结构怎么建模 结构中两个原子在同一位置上 abc都相同 建模是2怎么处理啊 谢谢

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