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dreamboat

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[交流] 【求助】混乱结构怎么建模

混乱结构怎么建模
结构中两个原子在同一位置上 abc都相同建模是2怎么处理啊

谢谢

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1楼 2011-01-24 16:55:32

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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)

★
dreamboat(金币+1):谢谢参与

楼主说的是混合占据的情况？
“建模是2怎么处理啊”
这句没看懂

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2楼2011-01-24 17:12:28

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dreamboat

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建模是2怎么处理啊
这个打错了
应该是建模时怎么处理混合占据

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4楼2011-01-24 19:05:37

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zoujin129

禁虫 (知名作家)

★
dreamboat(金币+1):谢谢参与

本帖内容被屏蔽

5楼2011-01-24 19:59:33

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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)

★
zzy870720z(金币+1): 谢谢交流 2011-01-24 20:18:21
dreamboat(金币+1): 2011-01-24 20:43:30

混合占据的情况比较复杂，建议取较大的超胞考虑不同的占位情况多做几次计算

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6楼2011-01-24 20:03:57

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qphll

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★ ★ ★ ★
dreamboat(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+3): 谢谢老兄指教，呵呵，多光顾第一版 2011-01-25 09:05:04

引用回帖:

Originally posted by dreamboat at 2011-01-24 19:05:37:
建模是2怎么处理啊
这个打错了
应该是建模时怎么处理混合占据

我还是没有看懂是什么问题. 你是说, 在晶体结构(或者干脆空间的任何一个位置)上, 有可能是A原子, 也有可能是B原子? 是不是?

如果你知道A和B原子的比例, 那么在构建的时候, 弄个Monte Carlo来做好啦, 随机占位.

当然, 如果你的体系弄得稍微大一些, 那么这样随机性带来的影响会小一些; 如果体系大了计算太耗时, 那么并行生成100个结构, 比较一下你关注的信息有没有质的变化. 当然也可以将性质对100个盒子进行平均.

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7楼2011-01-25 06:31:10

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dreamboat

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引用回帖:

Originally posted by qphll at 2011-01-25 06:31:10:

我还是没有看懂是什么问题. 你是说, 在晶体结构(或者干脆空间的任何一个位置)上, 有可能是A原子, 也有可能是B原子? 是不是?

如果你知道A和B原子的比例, 那么在构建的时候, 弄个Monte Carlo来做好啦, 随机 ...

就是在同一位置上有可能是A也可能是B

你的意思是可以先用Monte Carlo建模，然后再在MS中计算吗
怎么弄啊

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8楼2011-01-25 09:05:52

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qphll

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★ ★ ★ ★
dreamboat(金币+5): xiexie 2011-01-25 12:16:08
ellsaking(金币+4): 感谢详细说明~ 2011-01-25 14:12:32

引用回帖:

Originally posted by dreamboat at 2011-01-25 09:05:52:

就是在同一位置上有可能是A也可能是B

你的意思是可以先用Monte Carlo建模，然后再在MS中计算吗
怎么弄啊

不清楚在MS中怎样做, 但是基本的步骤大概是这样的.

假设你有一个 50*50*50 angstrom的cubic盒子, 每边等分成50份, 每个小盒子 (1*1*1 angstrom) 的中心放置A或者B的COM (Center of Mass).

再假设你的体系中A和B的比例是1:1.

开始操作啦:

(1) 生成三个随机数, R_x, R_y, R_z, 来选择对与哪个site (小盒子)赋值.

通过 (R_x)*50, 再取整, 可以知道X轴上是取哪个点, 同理, 得到Y和Z的值.
这样,要赋值的site (X, Y, Z) 确定.

(2) 确定(1)中的site以后, 再生成一个随机数 R_s, 来判断该位置是放置A还是B.

如果是1:1, 那么如果 R_s 在 [0,0.5] 放A; [0.5,1.0] 放B.

同样, 如果A/B=a/b, 那么将[0,1]区间等比例(a+b)划分即可.

通过(1) 和 (2) 将第一个点的位置以及上面放置的原子确定了.

(3) 重复步骤 (1) 和 (2), 需要注意的是, 这里你需要增加两个判断: 首先, 新site的(X, Y, Z) 不能和前面已经赋值的site重合. 如果重合, 那么再重新生成R_x, R_y, R_z; 其次, 统计累加一下每次赋值A和B的数目, 确保最终的A和B的比例是按照你想要的.

如果你用MS的话, 那么将最终生成的坐标以及该坐标上的原子信息, 整合成MS的格式, 导入到MS就可以用了吧.

我觉得这个几乎就可以算是伪代码了吧? 无非你要循环调用随机数生成代码.

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9楼2011-01-25 10:28:42

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