版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

dreamboat

木虫 (著名写手)

应助: 8 (幼儿园)
金币: 3090.3
帖子: 2746
在线: 593.4小时
虫号: 442693

[交流] 【求助】混乱结构怎么建模

混乱结构怎么建模
结构中两个原子在同一位置上 abc都相同建模是2怎么处理啊

谢谢

回复此楼

» 猜你喜欢

有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福已经有11人回复
表哥与省会女结婚，父母去帮带孩子被省会女气回家生重病了已经有7人回复
同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗已经有8人回复
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。已经有7人回复
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。已经有10人回复
天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人）已经有9人回复
有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车已经有10人回复
AI 太可怕了，写基金时，提出想法，直接生成的文字比自己想得深远，还有科学性已经有6人回复
酰胺脱乙酰基已经有13人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

进行结构优化，准晶体如Mg30Zn60Y10如何建模？已经有4人回复
求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢已经有11人回复
同源建模，希望建的蛋白质结构，N端和C端分别使用不同的蛋白模版，请教已经有11人回复
国家自然科学基金最新申报趋势领会与感想-特别是选题与创新已经有33人回复
求BiFeO3(BFO)的建模结构，谢谢。已经有4人回复
求助TiO2无定形结构如何用MS建模已经有9人回复
2010管理学部部分面上项目-(转载)-青基还没有已经有92人回复
科学技术论文写作规范----层次标题已经有14人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2011-01-24 16:55:32

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)

★
dreamboat(金币+1):谢谢参与

楼主说的是混合占据的情况？
“建模是2怎么处理啊”
这句没看懂

赞一下(1人)

回复此楼

2楼2011-01-24 17:12:28

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

dreamboat

木虫 (著名写手)

应助: 8 (幼儿园)
金币: 3090.3
帖子: 2746
在线: 593.4小时
虫号: 442693

建模是2怎么处理啊
这个打错了
应该是建模时怎么处理混合占据

赞一下

回复此楼

4楼2011-01-24 19:05:37

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zoujin129

禁虫 (知名作家)

★
dreamboat(金币+1):谢谢参与

本帖内容被屏蔽

5楼2011-01-24 19:59:33

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)

★
zzy870720z(金币+1): 谢谢交流 2011-01-24 20:18:21
dreamboat(金币+1): 2011-01-24 20:43:30

混合占据的情况比较复杂，建议取较大的超胞考虑不同的占位情况多做几次计算

赞一下(1人)

回复此楼

6楼2011-01-24 20:03:57

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)

应助: 18 (小学生)
金币: 2708.7
帖子: 554
在线: 227.1小时
虫号: 89654

★ ★ ★ ★
dreamboat(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+3): 谢谢老兄指教，呵呵，多光顾第一版 2011-01-25 09:05:04

引用回帖:

Originally posted by dreamboat at 2011-01-24 19:05:37:
建模是2怎么处理啊
这个打错了
应该是建模时怎么处理混合占据

我还是没有看懂是什么问题. 你是说, 在晶体结构(或者干脆空间的任何一个位置)上, 有可能是A原子, 也有可能是B原子? 是不是?

如果你知道A和B原子的比例, 那么在构建的时候, 弄个Monte Carlo来做好啦, 随机占位.

当然, 如果你的体系弄得稍微大一些, 那么这样随机性带来的影响会小一些; 如果体系大了计算太耗时, 那么并行生成100个结构, 比较一下你关注的信息有没有质的变化. 当然也可以将性质对100个盒子进行平均.

赞一下(2人)

回复此楼

7楼2011-01-25 06:31:10

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

dreamboat

木虫 (著名写手)

应助: 8 (幼儿园)
金币: 3090.3
帖子: 2746
在线: 593.4小时
虫号: 442693

引用回帖:

Originally posted by qphll at 2011-01-25 06:31:10:

我还是没有看懂是什么问题. 你是说, 在晶体结构(或者干脆空间的任何一个位置)上, 有可能是A原子, 也有可能是B原子? 是不是?

如果你知道A和B原子的比例, 那么在构建的时候, 弄个Monte Carlo来做好啦, 随机 ...

就是在同一位置上有可能是A也可能是B

你的意思是可以先用Monte Carlo建模，然后再在MS中计算吗
怎么弄啊

赞一下

回复此楼

8楼2011-01-25 09:05:52

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)

应助: 18 (小学生)
金币: 2708.7
帖子: 554
在线: 227.1小时
虫号: 89654

★ ★ ★ ★
dreamboat(金币+5): xiexie 2011-01-25 12:16:08
ellsaking(金币+4): 感谢详细说明~ 2011-01-25 14:12:32

引用回帖:

Originally posted by dreamboat at 2011-01-25 09:05:52:

就是在同一位置上有可能是A也可能是B

你的意思是可以先用Monte Carlo建模，然后再在MS中计算吗
怎么弄啊

不清楚在MS中怎样做, 但是基本的步骤大概是这样的.

假设你有一个 50*50*50 angstrom的cubic盒子, 每边等分成50份, 每个小盒子 (1*1*1 angstrom) 的中心放置A或者B的COM (Center of Mass).

再假设你的体系中A和B的比例是1:1.

开始操作啦:

(1) 生成三个随机数, R_x, R_y, R_z, 来选择对与哪个site (小盒子)赋值.

通过 (R_x)*50, 再取整, 可以知道X轴上是取哪个点, 同理, 得到Y和Z的值.
这样,要赋值的site (X, Y, Z) 确定.

(2) 确定(1)中的site以后, 再生成一个随机数 R_s, 来判断该位置是放置A还是B.

如果是1:1, 那么如果 R_s 在 [0,0.5] 放A; [0.5,1.0] 放B.

同样, 如果A/B=a/b, 那么将[0,1]区间等比例(a+b)划分即可.

通过(1) 和 (2) 将第一个点的位置以及上面放置的原子确定了.

(3) 重复步骤 (1) 和 (2), 需要注意的是, 这里你需要增加两个判断: 首先, 新site的(X, Y, Z) 不能和前面已经赋值的site重合. 如果重合, 那么再重新生成R_x, R_y, R_z; 其次, 统计累加一下每次赋值A和B的数目, 确保最终的A和B的比例是按照你想要的.

如果你用MS的话, 那么将最终生成的坐标以及该坐标上的原子信息, 整合成MS的格式, 导入到MS就可以用了吧.

我觉得这个几乎就可以算是伪代码了吧? 无非你要循环调用随机数生成代码.

赞一下(1人)

回复此楼

9楼2011-01-25 10:28:42

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖