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dreamboat

木虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】混乱结构怎么建模

混乱结构怎么建模
结构中两个原子在同一位置上 abc都相同建模是2怎么处理啊

谢谢

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1楼 2011-01-24 16:55:32

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)

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★ ★ ★ ★
dreamboat(金币+5): xiexie 2011-01-25 12:16:08
ellsaking(金币+4): 感谢详细说明~ 2011-01-25 14:12:32

引用回帖:

Originally posted by dreamboat at 2011-01-25 09:05:52:

就是在同一位置上有可能是A也可能是B

你的意思是可以先用Monte Carlo建模，然后再在MS中计算吗
怎么弄啊

不清楚在MS中怎样做, 但是基本的步骤大概是这样的.

假设你有一个 50*50*50 angstrom的cubic盒子, 每边等分成50份, 每个小盒子 (1*1*1 angstrom) 的中心放置A或者B的COM (Center of Mass).

再假设你的体系中A和B的比例是1:1.

开始操作啦:

(1) 生成三个随机数, R_x, R_y, R_z, 来选择对与哪个site (小盒子)赋值.

通过 (R_x)*50, 再取整, 可以知道X轴上是取哪个点, 同理, 得到Y和Z的值.
这样,要赋值的site (X, Y, Z) 确定.

(2) 确定(1)中的site以后, 再生成一个随机数 R_s, 来判断该位置是放置A还是B.

如果是1:1, 那么如果 R_s 在 [0,0.5] 放A; [0.5,1.0] 放B.

同样, 如果A/B=a/b, 那么将[0,1]区间等比例(a+b)划分即可.

通过(1) 和 (2) 将第一个点的位置以及上面放置的原子确定了.

(3) 重复步骤 (1) 和 (2), 需要注意的是, 这里你需要增加两个判断: 首先, 新site的(X, Y, Z) 不能和前面已经赋值的site重合. 如果重合, 那么再重新生成R_x, R_y, R_z; 其次, 统计累加一下每次赋值A和B的数目, 确保最终的A和B的比例是按照你想要的.

如果你用MS的话, 那么将最终生成的坐标以及该坐标上的原子信息, 整合成MS的格式, 导入到MS就可以用了吧.

我觉得这个几乎就可以算是伪代码了吧? 无非你要循环调用随机数生成代码.