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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】namd怎么做不同温度的模拟
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aquariusy

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】namd怎么做不同温度的模拟 已有2人参与

想模拟一个蛋白质随着温度的变化的运动轨迹，比如温度的升高使蛋白质构象发生的改变，不知namd能否实现？
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1楼 2011-01-18 14:11:35
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-01-19 16:42:46
很容易实现，看看ug
temperature rescaling

不过指望看到构型变化，需要的时间会很长

[ Last edited by wally8962 on 2011-1-18 at 21:25 ]
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3楼2011-01-18 21:24:12
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aquariusy

木虫 (小有名气)
是不是改conf文件里的constant temperature control啊？有没有知道怎么设置？
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2楼2011-01-18 21:21:56
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aquariusy

木虫 (小有名气)
谢谢哈，我先认真看看ug
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4楼2011-01-19 22:33:33
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