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【讨论】关于Gaussian ]计算反应能垒
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用Gaussian 计算反应路径能垒的时候,要分别给出反应路径上的稳定点(反应起始物,中间体和产物)和过渡态在势能面上的能量值.能垒就是"山峰"和"山谷"之间的能量差值. 例如:对于A+B--->C+D的反应, 我想问的就是在画势能面图的时候,零点的选择应该是怎么样的? 1.按照单独A,单独B的优化结构的能量加和值. 2.由第一个过渡态IRC计算得到的点,再优化结构得到A+B的能量值. 上面两种计算方法,得到的结果是不一样的,第一种方法得到的能量起始点的能量要高于第二点的能量.因为A+B的结构中,A和B之间有相互作用力(范德华力,静电力或者有氢键作用),正是这种相互作用力的存在使得体系能量值偏低. 如果两个分子仅仅是弱的相互作用,比如说范德华力,那么差别不是很大,1~2kcal/mol,那么这两种计算方法得到的过渡态的能垒的差别应该差不多. 但是,如果两个分子之间有多个氢键作用,或者有很强的静电力,那么这个差值就非常明显了(10kcal/mol)以上.请问如果是这种情况,应该怎么办?是不是就只能是采用A+B的值作为能量的起点? 如果在有氢键作用的情况下,用A+B作为能量计算的起点,那么也就是说在结构A+B中就已经含有分子间氢键,在第一个过渡态TS1中也含有分子间氢键,能垒计算为TS1-(A+B)的值,就体现不出来由于氢键作用而使得反应能垒降低了. 而反应过程中的确是因为氢键的作用而促进了化学反应的进行. 请教一下大家这样的问题是怎么处理的? 谢谢帮助! [ Last edited by majun04 on 2011-1-17 at 09:44 ] |
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