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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【讨论】Gaussian03研究化学反应机理（如催化酯水解）
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小丁0912

金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】Gaussian03研究化学反应机理（如催化酯水解） 已有6人参与

各位专家：您们好！小女子我刚接触Gaussian,老板叫研究反应机理，可实验室没有师兄姐做过，故来次求助。看过文献，可是还是不知道从何下手。文献中一般的反应机理都多种中间产物和过渡态的结构和能量的计算，他们是如何获得这些中间体和过渡态的呢？
        我想知道，要研究一个反应的机理，在开始计算之前，应该做些什么准备工作呢？如金属催化酯的水解反应机理。我知道了反应物和产物。怎样获得中间产物，和过渡态的构型呢？是通过实验数据获得还是通过计算就可以获得呢？通常情况都计算哪些量呢？
          望专家指导，不甚感激！
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1楼 2010-08-31 20:06:56
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小丁0912

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 小丁0912 at 2010-08-31 20:06:56:
各位专家：您们好！小女子我刚接触Gaussian,老板叫研究反应机理，可实验室没有师兄姐做过，故来次求助。看过文献，可是还是不知道从何下手。文献中一般的反应机理都多种中间产物和过渡态的结构和能量的计算，他们 ...

实在对不起，“来次”改为“来此”
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2楼2010-08-31 20:41:15
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shawwww

至尊木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zhou2009(金币+2): 2010-09-01 08:18:41
势能面上的中间体和过渡态是自己分析出来的，想好了再去优化构型，你可以照着文献去做，先练习
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3楼2010-08-31 20:51:48
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小丁0912

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by shawwww at 2010-08-31 20:51:48:
势能面上的中间体和过渡态是自己分析出来的，想好了再去优化构型，你可以照着文献去做，先练习

谢谢您的回复。 请问势能面是如何获得的呢？通过计算吗？如果是计算的话。应该用什么关键词呢？能推荐一篇文献看看吗？  非常感谢您的无私奉献。
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4楼2010-08-31 21:16:23
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x7511413

金虫 (正式写手)

科研小菜
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
进来学习的  楼主知道了 烦请告知哦 谢谢啦
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哦也
5楼2010-09-01 08:08:25
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
erylingjet(金币+5):感谢专家！ 2010-09-02 09:54:52
既然是“金属催化酯的水解”，我想果真要通过计算研究机制，过渡态还离不开“金属”和水。

可能还需要分别作酯在金属上吸附催化的变化，这方面有大量的计算研究。同时再作水对酯的作用。最后再合起来综合计算。

如果你的酯分子很大，可能先需要选相当的小分子来模拟，否则计算量太大。时间要花在机理的思考模拟上，不要花在计算机时上。

过渡态的构型自然是经过设想计算出来的。酯的水解机制，可以从物理有机方面找参考。量化计算也有先例。
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6楼2010-09-01 09:01:15
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shawwww

至尊木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
具体的计算在这里很难说清楚，既然你们实验室没人做过，你自己去摸索太难了，最好和你老板谈谈，让他帮你联系一个做计算的课题组，你过去学习半年。
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7楼2010-09-01 21:12:57
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forestwolf9291

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2010-09-01 09:01:15:
既然是“金属催化酯的水解”，我想果真要通过计算研究机制，过渡态还离不开“金属”和水。

可能还需要分别作酯在金属上吸附催化的变化，这方面有大量的计算研究。同时再作水对酯的作用。最后再合起来综合计算。 ...

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8楼2010-09-02 08:28:55
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iamsw

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这样讨论，你是很难入门，尽管计算入门真的很容易。建议你联系一个计算组，学习十天半个月就可以了。
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9楼2013-03-12 15:46:56
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