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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】请问一个属下的不同的种16SrDNA序列是否一定有很大一部分序列是一致的？
汕头大学海洋科学接受调剂
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ashen1944

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】请问一个属下的不同的种16SrDNA序列是否一定有很大一部分序列是一致的？

请问一个属下的不同的种16SrDNA序列是否一定有很大一部分序列是一致的？那如何能够找到这相同部分的碱基序列那？

[ Last edited by ashen1944 on 2011-1-14 at 10:55 ]
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1楼 2011-01-14 10:54:18
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★ ★
ashen1944(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+1): 谢谢参与 2011-02-12 12:11:23
下载一些模式种的16SrDNA序列做multiple alignment
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3楼2011-01-14 11:19:53
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fykxy_206

木虫 (正式写手)
★ ★
ashen1944(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+1): 谢谢参与 2011-02-12 12:11:34
在NCBI中的GeneBank中将同一种属的不同16srdna下载下来，用分析比对软件比对就可以啦。
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5楼2011-01-14 12:00:22
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yusuya

木虫 (小有名气)

何止是一大部分相同啊

★ ★
ashen1944(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+1): 谢谢参与，能举例子就更好了 2011-02-12 12:12:01
有很多属于同一个属不同种的16s是完全相同呢，楼主的问题也是我想请教大家的。
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6楼2011-01-14 21:05:03
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zxx123

金虫 (正式写手)
★
ashen1944(金币+1):谢谢参与
一般90%以上相同
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7楼2011-02-11 23:47:44
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wangy0908

金虫 (正式写手)
★
ashen1944(金币+1):谢谢参与
最好去NCBI下载相同术夫人不同物种来比较的！有一些属的士达到80%相同。
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8楼2011-02-12 02:03:58
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peizhilee

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
ashen1944(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+2): 谢谢分享 2011-02-12 12:12:16
我曾在NCBI 上面做一些比对。首先是将16s扩增出来常规测序，用16S序列比对找到与之相似度在99%以上的菌株作为参考序列。将该菌高通量测序。然后将两个菌的全基因组序列进行比对分析，但是两个菌的近源度十分差。我很困惑，不知道是什么原因。
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9楼2011-02-12 12:01:27
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zhangxn2010

木虫 (著名写手)
★
ashen1944(金币+1):谢谢参与
当然是，就是按这个分的属；
如果分不开可以再做个ITS序列。

[ Last edited by zhangxn2010 on 2011-2-12 at 15:52 ]
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10楼2011-02-12 15:51:41
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yhlv666

至尊木虫 (职业作家)
用分析比对软件比对
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12楼2011-06-04 10:03:59
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
没有完全相同的吧？如果两个种的16S完全相同，那不就是一个种了
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13楼2011-06-04 11:43:41
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zzf77662楼
2011-01-14 11:19   回复  
ashen1944(金币+1):谢谢参与
sihu171754楼
2011-01-14 11:52   回复  
ashen1944(金币+1):谢谢参与
KZ142511楼
2011-02-13 17:55   回复  
ashen1944(金币+1):谢谢参与
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