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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】请问一个属下的不同的种16SrDNA序列是否一定有很大一部分序列是一致的？
汕头大学海洋科学接受调剂
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ashen1944

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】请问一个属下的不同的种16SrDNA序列是否一定有很大一部分序列是一致的？

请问一个属下的不同的种16SrDNA序列是否一定有很大一部分序列是一致的？那如何能够找到这相同部分的碱基序列那？

[ Last edited by ashen1944 on 2011-1-14 at 10:55 ]
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1楼 2011-01-14 10:54:18
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peizhilee

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
ashen1944(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+2): 谢谢分享 2011-02-12 12:12:16
我曾在NCBI 上面做一些比对。首先是将16s扩增出来常规测序，用16S序列比对找到与之相似度在99%以上的菌株作为参考序列。将该菌高通量测序。然后将两个菌的全基因组序列进行比对分析，但是两个菌的近源度十分差。我很困惑，不知道是什么原因。
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9楼2011-02-12 12:01:27
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★ ★
ashen1944(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+1): 谢谢参与 2011-02-12 12:11:23
下载一些模式种的16SrDNA序列做multiple alignment
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-01-14 11:19:53
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fykxy_206

木虫 (正式写手)
★ ★
ashen1944(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+1): 谢谢参与 2011-02-12 12:11:34
在NCBI中的GeneBank中将同一种属的不同16srdna下载下来，用分析比对软件比对就可以啦。
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5楼2011-01-14 12:00:22
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yusuya

木虫 (小有名气)

何止是一大部分相同啊

★ ★
ashen1944(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+1): 谢谢参与，能举例子就更好了 2011-02-12 12:12:01
有很多属于同一个属不同种的16s是完全相同呢，楼主的问题也是我想请教大家的。
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6楼2011-01-14 21:05:03
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