应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】初始态的构建
111/1返回列表
查看: 1624  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ruthxu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】初始态的构建

动力学模拟时，首先要构建初始态，大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢？

我现在遇到的问题是：在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子，水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么做好呢？

尝试用packmol做，但体系太大。有没有更好的办法？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-01-09 00:38:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
ruthxu(金币+1): 2011-01-09 23:29:26
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-01-09 00:38:31:
动力学模拟时，首先要构建初始态，大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢？

我现在遇到的问题是：在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子，水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么 ...

packmol已经很好了，你还想用什么？自己写程序？
赞一下 回复此楼
2楼2011-01-09 13:43:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-09 13:43:52:

packmol已经很好了，你还想用什么？自己写程序？

确实很想自己写，构建初始态如果能自己写一个程序，那应用起来会很灵活。packmol总是try，不知道它究竟是怎么算的。有源代码吗？
赞一下 回复此楼
3楼2011-01-09 23:29:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1dubo

银虫 (小有名气)
ruthxu(金币+1): 2011-02-17 15:40:28
随机磊磊试试吧
回复此楼
4楼2011-02-16 14:16:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红枫893

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-01-09 00:38:31:
动力学模拟时，首先要构建初始态，大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢？

我现在遇到的问题是：在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子，水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么 ...

gromacs中自己有这个功能吧？
赞一下 回复此楼
5楼2011-02-18 10:52:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-09 13:43:52:
packmol已经很好了，你还想用什么？自己写程序？

我做的也是比较大的体系，老是建不好初始构型，所以我想问一下packmol是什么意思 gromacs中自带的程序吗？谢谢
赞一下 回复此楼
6楼2011-03-08 14:13:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-09 14:08:30
ruthxu(金币+2): 请教！ 2011-03-09 22:28:31
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-01-09 00:38:31:
动力学模拟时，首先要构建初始态，大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢？

我现在遇到的问题是：在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子，水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么 ...

MS5.5貌似可以随意的建盒子了，以前的版本受制于力场参数的限制。。。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-03-08 15:58:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-03-08 15:58:37:
MS5.5貌似可以随意的建盒子了，以前的版本受制于力场参数的限制。。。

MS 都有5.5了，能不能传一下？谢谢！
高手，我想请教您一个问题，gromacs3.3 和gromacs4.0 重要的区别在哪？
可以在3.3中运行的程序，到4.0中mdrun会死掉的可能原因是什么？
谢谢！
赞一下 回复此楼
8楼2011-03-09 22:27:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-09 22:27:38:
MS 都有5.5了，能不能传一下？谢谢！
高手，我想请教您一个问题，gromacs3.3 和gromacs4.0 重要的区别在哪？
可以在3.3中运行的程序，到4.0中mdrun会死掉的可能原因是什么？
谢谢！

应该是程序的函数改变了吧，我不是高手，⊙﹏⊙b汗。。。
赞一下 回复此楼
9楼2011-03-09 22:38:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
这个体系至今没有建好，专家能不能帮帮忙啊！！！
赞一下 回复此楼
10楼2011-03-10 18:07:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
一般情况下，大家是怎么建立初始态的呢？
赞一下 回复此楼
11楼2011-03-11 09:56:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ruthxu 的主题更新
111/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭