应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】初始态的构建
51/1返回列表
查看: 1278  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】初始态的构建

动力学模拟时，首先要构建初始态，大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢？

我现在遇到的问题是：在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子，水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么做好呢？

尝试用packmol做，但体系太大。有没有更好的办法？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-01-09 00:38:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-09 14:08:30
ruthxu(金币+2): 请教！ 2011-03-09 22:28:31
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-01-09 00:38:31:
动力学模拟时，首先要构建初始态，大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢？

我现在遇到的问题是：在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子，水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么 ...

MS5.5貌似可以随意的建盒子了，以前的版本受制于力场参数的限制。。。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-03-08 15:58:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

zyj8119

木虫 (著名写手)
ruthxu(金币+1): 2011-01-09 23:29:26
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-01-09 00:38:31:
动力学模拟时，首先要构建初始态，大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢？

我现在遇到的问题是：在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子，水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么 ...

packmol已经很好了，你还想用什么？自己写程序？
赞一下 回复此楼
2楼2011-01-09 13:43:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-09 13:43:52:

packmol已经很好了，你还想用什么？自己写程序？

确实很想自己写，构建初始态如果能自己写一个程序，那应用起来会很灵活。packmol总是try，不知道它究竟是怎么算的。有源代码吗？
赞一下 回复此楼
3楼2011-01-09 23:29:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红枫893

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-01-09 00:38:31:
动力学模拟时，首先要构建初始态，大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢？

我现在遇到的问题是：在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子，水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么 ...

gromacs中自己有这个功能吧？
赞一下 回复此楼
5楼2011-02-18 10:52:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +9 chaojifeixia 2026-03-19 10/500 2026-03-20 12:29 by lature00
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +5 脱颖而出 2026-03-16 14/700 2026-03-20 09:30 by kkcoco25
[考研] 329求调剂 +6 想上学吖吖 2026-03-19 6/300 2026-03-20 09:00 by 每天只摆一小会
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +8 步川酷紫123 2026-03-13 8/400 2026-03-20 08:47 by xingguangj
[考研] 081700化工学硕调剂 +3 【1】 2026-03-16 3/150 2026-03-19 23:40 by edmund7
[考研] 生物学调剂招人！！！ +3 山海天岚 2026-03-17 4/200 2026-03-19 21:34 by 怎么释怀
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +8 zlingli 2026-03-13 8/400 2026-03-19 16:32 by 轻松不少随
[考研] 085600材料与化工调剂 324分 +10 llllkkkhh 2026-03-18 12/600 2026-03-19 14:33 by llllkkkhh
[考研] 346求调剂[0856] +3 WayneLim327 2026-03-16 6/300 2026-03-19 11:21 by WayneLim327
[考研] 0854，计算机类招收调剂 +3 胡辣汤放糖 2026-03-15 6/300 2026-03-18 12:09 by 上岸上岸……..
[考研] 环境工程调剂 +8 大可digkids 2026-03-16 8/400 2026-03-18 09:36 by zhukairuo
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林，给自己招师弟中～ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
[考研] 招收0805（材料）调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭