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ruthxu

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助】初始态的构建

动力学模拟时,首先要构建初始态,大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢?

我现在遇到的问题是:在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子,水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么做好呢?

尝试用packmol做,但体系太大。有没有更好的办法?
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ruthxu

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-09 13:43:52:

packmol已经很好了,你还想用什么?自己写程序?

确实很想自己写,构建初始态如果能自己写一个程序,那应用起来会很灵活。packmol总是try,不知道它究竟是怎么算的。有源代码吗?
3楼2011-01-09 23:29:08
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查看全部 11 个回答
ruthxu(金币+1): 2011-01-09 23:29:26
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-01-09 00:38:31:
动力学模拟时,首先要构建初始态,大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢?

我现在遇到的问题是:在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子,水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么 ...

packmol已经很好了,你还想用什么?自己写程序?
2楼2011-01-09 13:43:52
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红枫893

木虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-01-09 00:38:31:
动力学模拟时,首先要构建初始态,大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢?

我现在遇到的问题是:在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子,水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么 ...

gromacs中自己有这个功能吧?
5楼2011-02-18 10:52:05
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memgr

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-09 13:43:52:
packmol已经很好了,你还想用什么?自己写程序?

我做的也是比较大的体系,老是建不好初始构型,所以我想问一下packmol是什么意思 gromacs中自带的程序吗?谢谢
6楼2011-03-08 14:13:44
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