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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】初始态的构建
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ruthxu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】初始态的构建

动力学模拟时，首先要构建初始态，大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢？

我现在遇到的问题是：在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子，水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么做好呢？

尝试用packmol做，但体系太大。有没有更好的办法？
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1楼 2011-01-09 00:38:31
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zyj8119

木虫 (著名写手)
ruthxu(金币+1): 2011-01-09 23:29:26
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-01-09 00:38:31:
动力学模拟时，首先要构建初始态，大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢？

我现在遇到的问题是：在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子，水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么 ...

packmol已经很好了，你还想用什么？自己写程序？
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2楼2011-01-09 13:43:52
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-09 13:43:52:

packmol已经很好了，你还想用什么？自己写程序？

确实很想自己写，构建初始态如果能自己写一个程序，那应用起来会很灵活。packmol总是try，不知道它究竟是怎么算的。有源代码吗？
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3楼2011-01-09 23:29:08
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1dubo

银虫 (小有名气)
ruthxu(金币+1): 2011-02-17 15:40:28
随机磊磊试试吧
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4楼2011-02-16 14:16:27
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红枫893

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-01-09 00:38:31:
动力学模拟时，首先要构建初始态，大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢？

我现在遇到的问题是：在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子，水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么 ...

gromacs中自己有这个功能吧？
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5楼2011-02-18 10:52:05
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memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-09 13:43:52:
packmol已经很好了，你还想用什么？自己写程序？

我做的也是比较大的体系，老是建不好初始构型，所以我想问一下packmol是什么意思 gromacs中自带的程序吗？谢谢
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6楼2011-03-08 14:13:44
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-09 14:08:30
ruthxu(金币+2): 请教！ 2011-03-09 22:28:31
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-01-09 00:38:31:
动力学模拟时，首先要构建初始态，大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢？

我现在遇到的问题是：在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子，水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么 ...

MS5.5貌似可以随意的建盒子了，以前的版本受制于力场参数的限制。。。
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7楼2011-03-08 15:58:37
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-03-08 15:58:37:
MS5.5貌似可以随意的建盒子了，以前的版本受制于力场参数的限制。。。

MS 都有5.5了，能不能传一下？谢谢！
高手，我想请教您一个问题，gromacs3.3 和gromacs4.0 重要的区别在哪？
可以在3.3中运行的程序，到4.0中mdrun会死掉的可能原因是什么？
谢谢！
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8楼2011-03-09 22:27:38
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-09 22:27:38:
MS 都有5.5了，能不能传一下？谢谢！
高手，我想请教您一个问题，gromacs3.3 和gromacs4.0 重要的区别在哪？
可以在3.3中运行的程序，到4.0中mdrun会死掉的可能原因是什么？
谢谢！

应该是程序的函数改变了吧，我不是高手，⊙﹏⊙b汗。。。
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9楼2011-03-09 22:38:57
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ruthxu

金虫 (正式写手)
这个体系至今没有建好，专家能不能帮帮忙啊！！！
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10楼2011-03-10 18:07:21
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ruthxu

金虫 (正式写手)
一般情况下，大家是怎么建立初始态的呢？
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11楼2011-03-11 09:56:19
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