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ruthxu

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助】初始态的构建

动力学模拟时,首先要构建初始态,大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢?

我现在遇到的问题是:在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子,水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么做好呢?

尝试用packmol做,但体系太大。有没有更好的办法?
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引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-09 22:27:38:
MS 都有5.5了,能不能传一下?谢谢!
高手,我想请教您一个问题,gromacs3.3 和gromacs4.0 重要的区别在哪?
可以在3.3中运行的程序,到4.0中mdrun会死掉的可能原因是什么?
谢谢!

应该是程序的函数改变了吧,我不是高手,⊙﹏⊙b汗。。。
9楼2011-03-09 22:38:57
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ruthxu(金币+1): 2011-01-09 23:29:26
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-01-09 00:38:31:
动力学模拟时,首先要构建初始态,大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢?

我现在遇到的问题是:在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子,水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么 ...

packmol已经很好了,你还想用什么?自己写程序?
2楼2011-01-09 13:43:52
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ruthxu

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-09 13:43:52:

packmol已经很好了,你还想用什么?自己写程序?

确实很想自己写,构建初始态如果能自己写一个程序,那应用起来会很灵活。packmol总是try,不知道它究竟是怎么算的。有源代码吗?
3楼2011-01-09 23:29:08
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红枫893

木虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-01-09 00:38:31:
动力学模拟时,首先要构建初始态,大家能不能交流一下一般如何构建初始态呢?

我现在遇到的问题是:在棱长为16的立方体盒子里随机放106563个水分子和1017个DPPC 分子,水分子和DPPC 分子的pdb文件都有了。怎么 ...

gromacs中自己有这个功能吧?
5楼2011-02-18 10:52:05
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