24小时热门版块排行榜    

查看: 2002  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

043114076

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】cif 晶体文件格式转化 已有3人参与

想编一个fortran程序批量的将cif文件转化为xyz文件或者pdb文件,遇到的问题是空间向量的读取无法识别。
以下是cif文件中空间操作向量的定义:
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
1 x,y,z
2 -x,-y,1/2+z
3 1/2-x,1/2+y,1/2+z
4 1/2+x,1/2-y,z

如何将空间向量读取为表达式,生成所有的等价坐标?
我目前想到的方法是使用shell脚本而无法用fotran来实现,但是缺点是移植性不好,输出控制也不好。
不知大家有什么办法能实现字符串与表达式之间的转换。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2011-01-04 17:09:43:
最简单的方法,用MS Visualizer读取这个CIF文件,然后make P1,再导出为pdb格式,又快又好,又不存在版权问题。

对,这也是我目前使用的方法,但是要是有很多cif文件想批处理怎么办?
3楼2011-01-04 20:17:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
最简单的方法,用MS Visualizer读取这个CIF文件,然后make P1,再导出为pdb格式,又快又好,又不存在版权问题。
2楼2011-01-04 17:09:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

winterz

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2011-01-06 09:17:10
LZ可以试一下OpenBabel

http://openbabel.org/wiki/Main_Page
4楼2011-01-05 18:17:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +5 tcxiaoxx 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:35 by laoshidan
[考研] 316求调剂 +5 梁茜雯 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:26 by 你好你好666
[考研] 一志愿华中农业071010,总分320求调剂 +3 困困困困坤坤 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:38 by 学员8dgXkO
[考研] 289求调剂 +6 怀瑾握瑜l 2026-03-20 6/300 2026-03-20 20:30 by 学员8dgXkO
[考研] 材料080500调剂求收留 +8 一颗meteor 2026-03-13 8/400 2026-03-20 20:00 by zhukairuo
[考研] 353求调剂 +3 拉钩不许变 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:56 by JourneyLucky
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +11 墨墨漠 2026-03-18 12/600 2026-03-20 19:43 by 丁丁*
[考研] 一志愿吉林大学材料学硕321求调剂 +11 Ymlll 2026-03-18 15/750 2026-03-20 19:40 by 丁丁*
[考研] 281求调剂(0805) +14 烟汐忆海 2026-03-16 25/1250 2026-03-20 15:47 by yuncha
[考研] 求调剂 +3 暗涌afhb 2026-03-16 3/150 2026-03-20 00:28 by 河南大学校友
[考研] 266求调剂 +5 阳阳哇塞 2026-03-14 10/500 2026-03-19 15:08 by 阳阳哇塞
[考研] 化学求调剂 +3 临泽境llllll 2026-03-17 4/200 2026-03-19 13:59 by houyaoxu
[考研] 【同济软件】软件(085405)考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 299求调剂 +5 △小透明* 2026-03-17 5/250 2026-03-18 11:49 by 尽舜尧1
[考研] 0703化学336分求调剂 +6 zbzihdhd 2026-03-15 7/350 2026-03-18 09:53 by zhukairuo
[考博] 26申博 +4 八6八68 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 288求调剂 +4 奇点0314 2026-03-14 4/200 2026-03-14 23:04 by JourneyLucky
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
信息提示
请填处理意见