24小时热门版块排行榜    

查看: 1918  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

043114076

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】cif 晶体文件格式转化 已有3人参与

想编一个fortran程序批量的将cif文件转化为xyz文件或者pdb文件,遇到的问题是空间向量的读取无法识别。
以下是cif文件中空间操作向量的定义:
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
1 x,y,z
2 -x,-y,1/2+z
3 1/2-x,1/2+y,1/2+z
4 1/2+x,1/2-y,z

如何将空间向量读取为表达式,生成所有的等价坐标?
我目前想到的方法是使用shell脚本而无法用fotran来实现,但是缺点是移植性不好,输出控制也不好。
不知大家有什么办法能实现字符串与表达式之间的转换。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
最简单的方法,用MS Visualizer读取这个CIF文件,然后make P1,再导出为pdb格式,又快又好,又不存在版权问题。
2楼2011-01-04 17:09:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 043114076 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见