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043114076

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】cif 晶体文件格式转化 已有3人参与

想编一个fortran程序批量的将cif文件转化为xyz文件或者pdb文件,遇到的问题是空间向量的读取无法识别。
以下是cif文件中空间操作向量的定义:
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
1 x,y,z
2 -x,-y,1/2+z
3 1/2-x,1/2+y,1/2+z
4 1/2+x,1/2-y,z

如何将空间向量读取为表达式,生成所有的等价坐标?
我目前想到的方法是使用shell脚本而无法用fotran来实现,但是缺点是移植性不好,输出控制也不好。
不知大家有什么办法能实现字符串与表达式之间的转换。
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ghcacj

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阿超

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
最简单的方法,用MS Visualizer读取这个CIF文件,然后make P1,再导出为pdb格式,又快又好,又不存在版权问题。
2楼2011-01-04 17:09:43
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043114076

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2011-01-04 17:09:43:
最简单的方法,用MS Visualizer读取这个CIF文件,然后make P1,再导出为pdb格式,又快又好,又不存在版权问题。

对,这也是我目前使用的方法,但是要是有很多cif文件想批处理怎么办?
3楼2011-01-04 20:17:28
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winterz

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2011-01-06 09:17:10
LZ可以试一下OpenBabel

http://openbabel.org/wiki/Main_Page
4楼2011-01-05 18:17:20
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