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Hansongtao

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[交流] 【求助】用gaussian view打开优化好的结构后,将断裂键连上,是否影响后面计算 已有9人参与

我在计算单糖键能时,需分两步,第一步是优化,第二步是能量计算.在优化好以后,我用gaussian view打开优化好的结构,常常发现有些单键断了,而有些双键变成了单键.此时我能否用手动的方法将断开的单键连上,也将变化为双键的单键再变回双键.这样手动修改,制作出来的输入文件是否会在后面的能量计算中发生错误?
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
个人意见仅供参考:我想只要没有移动原子或者说你分子的坐标没有动就没有影响。其实GV里边的键不对只是软件的显示问题,关键还是看键长吧。
2楼2010-12-29 15:27:10
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by Hansongtao at 2010-12-29 15:11:58:
我在计算单糖键能时,需分两步,第一步是优化,第二步是能量计算.在优化好以后,我用gaussian view打开优化好的结构,常常发现有些单键断了,而有些双键变成了单键.此时我能否用手动的方法将断开的单键连上,也将变化为双 ...

gaussianview它是以识别的键长长短来确定键级,你可以调整你的初始结构试试看
3楼2010-12-29 16:33:59
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llwwwh

至尊木虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我也经常遇到键的不合理显示,老师说根据原子间距离,自己判断键的类型
时间证明一切
4楼2010-12-29 17:10:25
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sculhf

荣誉版主 (知名作家)

断翼天使

优秀版主优秀版主

没有影响
谋事在人成事在天
5楼2010-12-29 17:12:01
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jiayanhui

木虫 (正式写手)

大木虫

个人以为没有影响
春天来了
6楼2010-12-29 17:32:51
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auybv

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★
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erylingjet(金币+5):感谢交流! 2010-12-29 22:40:27
不用在意Gaussview中的键型,你只要没有调整键长键角之类的数据,对计算没有任何影响。Gaussian是不会自动计算键级的,Gaussview中的键型完全是根据两个原子之间的长度确定的。比如程序默认的A和B两个原子距离为2时为双键,1.5时为单键,那么如果计算结果中A和B之间的距离为2.001,就显示成双键,1.999就显示单键,1.501也是单键,而1.499就显示键断开了。实际上Gaussian程序读取的仅仅是原子的坐标,改变键型是不改变各个原子的位置的,自然也不会对计算结果产生影响。
7楼2010-12-29 21:00:28
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狼外婆

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
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erylingjet(金币+2):感谢交流! 2010-12-29 22:40:38
一般没有影响。但不排除键长的变化造成与其它原子距离的改变而影响GC对初始结构的判断。所以最好根据数据来判断而不是根据显示的结果。
8楼2010-12-29 21:38:43
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xj544

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
只要不移动原子,就没有影响的。键的类型不影响计算。
9楼2010-12-30 09:43:57
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10楼2013-06-17 11:43:13
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