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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【求助】用gaussian view打开优化好的结构后,将断裂键连上,是否影响后面计算
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Hansongtao

捐助贵宾 (小有名气)

[交流] 【求助】用gaussian view打开优化好的结构后,将断裂键连上,是否影响后面计算 已有9人参与

我在计算单糖键能时,需分两步,第一步是优化,第二步是能量计算.在优化好以后,我用gaussian view打开优化好的结构,常常发现有些单键断了,而有些双键变成了单键.此时我能否用手动的方法将断开的单键连上,也将变化为双键的单键再变回双键.这样手动修改,制作出来的输入文件是否会在后面的能量计算中发生错误?
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1楼 2010-12-29 15:11:58
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狼外婆

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
erylingjet(金币+2):感谢交流！ 2010-12-29 22:40:38
一般没有影响。但不排除键长的变化造成与其它原子距离的改变而影响GC对初始结构的判断。所以最好根据数据来判断而不是根据显示的结果。
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8楼2010-12-29 21:38:43
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
个人意见仅供参考：我想只要没有移动原子或者说你分子的坐标没有动就没有影响。其实GV里边的键不对只是软件的显示问题，关键还是看键长吧。
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2楼2010-12-29 15:27:10
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
★
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引用回帖:
Originally posted by Hansongtao at 2010-12-29 15:11:58:
我在计算单糖键能时,需分两步,第一步是优化,第二步是能量计算.在优化好以后,我用gaussian view打开优化好的结构,常常发现有些单键断了,而有些双键变成了单键.此时我能否用手动的方法将断开的单键连上,也将变化为双 ...

gaussianview它是以识别的键长长短来确定键级，你可以调整你的初始结构试试看
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3楼2010-12-29 16:33:59
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llwwwh

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我也经常遇到键的不合理显示，老师说根据原子间距离，自己判断键的类型
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时间证明一切
4楼2010-12-29 17:10:25
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