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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】outcar2poscar 从VASP分子动力学的OUTCAR中提取POSCAR出错
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dragonlong

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】outcar2poscar 从VASP分子动力学的OUTCAR中提取POSCAR出错

outcar2poscar 从VASP分子动力学的OUTCAR中提取POSCAR出错

$ outcar2poscar.pl 1
error message: cannot open POSCAR for input
请问咋回事，有什么办法解决呢，谢了。
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1楼 2010-12-23 11:04:06
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ellsaking

金虫 (正式写手)
★ ★
dragonlong(金币+1):谢谢参与
zhang668(金币+1):多谢交流 2010-12-23 13:47:02
没明白，不是应该看CONTACAR吗。。
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3楼2010-12-23 13:33:40
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dragonlong

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ellsaking at 2010-12-23 13:33:40:
没明白，不是应该看CONTACAR吗。。

MD计算中，比如模拟时长1ps，步长为1fs，每一飞秒后写离子坐标信息，结束后，会写入1000步坐标信息，outcar2poscal就是从OUTCAR中提取这些信息，产生1000个POSCAR。而CONTCAR中只保留了MD结束时的离子坐标信息。
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4楼2010-12-24 04:19:30
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phys

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
dragonlong(金币+1):谢谢参与
dragonlong(金币+1): 2010-12-24 09:58:53
youzhizhe(金币+1):谢谢交流。 2010-12-24 10:07:59
youzhizhe(金币+1):谢谢交流。 2010-12-24 10:08:03
poscar和outcar在一个文件夹内？
赞一下(3人) 回复此楼
5楼2010-12-24 09:54:21
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dragonlong

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by phys at 2010-12-24 09:54:21:
poscar和outcar在一个文件夹内？

在于不在都试了，都出同样的错
赞一下 回复此楼
6楼2010-12-24 10:00:02
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jipd

木虫 (正式写手)
★
dragonlong(金币+1):谢谢参与
lu guo bang ding
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7楼2010-12-24 10:18:22
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)
★ ★
dragonlong(金币+1):谢谢参与
sunyang1988(金币+1):谢谢指点 2010-12-25 12:36:32
挺有意思。
一般来说，想要得到每一步的离子位置信息都是通过XDATCAR得到的。
可以在INCAR中设置，NBLOCK=1，KBLOCK=1。
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8楼2010-12-25 11:07:34
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我不是陈冠希

铜虫 (小有名气)
★
dragonlong(金币+1):谢谢参与
不太清楚噢
本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2386813&fpage=1
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10楼2011-01-10 22:15:36
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zugulitang

金虫 (正式写手)
★
dragonlong(金币+1):谢谢参与
不太明白，楼主这个outcar2poscar是另外写的脚本吗？
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11楼2011-01-16 14:45:45
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zoujin1292楼
2010-12-23 13:20   回复  
dragonlong(金币+1):谢谢参与
youzhizhe(金币-1):求助帖谢绝纯表。感谢对第一原理版的关注。 2010-12-24 10:09:08
07108111329楼
2011-01-10 14:11   回复  
dragonlong(金币+1):谢谢参与
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