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【讨论】水分子的两个HT原子之间不应该成键 已有5人参与
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我知道产生问题的原因是和坛子里的一个同学一样：水分子的两个HT原子之间不应该成键。在产生psf是出现的问题，可我不会解决，望大家帮忙 在运行后出现这个问题：UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR HT HT OT（如图）  这是我的命令： 去掉硫酸根： mol load pdb 1KIM.pdb set sel [atomselect top "not resname SO4"] $sel writepdb 1kims.pdb $sel writepsf 1kims.psf exit 去掉THM： mol load pdb 1kims.pdb set sel [atomselect top "not resname THM"] $sel writepdb 1kimst.pdb exit 分链： mol load pdb 1kimst.pdb set a {atomselect top "protein and chain A"] set b {atomselect top "protein and chain B"] $a writepdb 1kimstA.pdb $b writepdb 1kimstB.pdb exit mol load pdb 1kimst.pdb set a {atomselect top "water and chain A"] set b {atomselect top "water and chain B"] $a writepdb crystwatA.pdb $b writepdb crystwatB.pdb exit 产生psf： package require psfgen topology top_all27_prot_lipid.inp pdbalias residue HIS HSE pdbalias atom ILE CD1 CD pdbalias atom HOH O OH2 pdbalias residue HOH TIP3 foreach S { A B } { segment $S { pdb 1kimst$S.pdb } coordpdb 1kimst$S.pdb $S regenerate angles dihedrals segment WC$S { auto none pdb crystwat$S.pdb } coordpdb crystwat$S.pdb WC$S } guesscoord writepdb 1kim.pdb writepsf 1kim.psf 加水： set all [atomselect top all] measure minmax $all package require solvate solvate 1kim.psf 1kim.pdb -o 1kim_wb -b 1.5 -minmax {{-10 48 8} {70 120 80}} 平衡动力学： |
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