| 查看: 1971 | 回复: 8 | |||
[交流]
【讨论】水分子的两个HT原子之间不应该成键 已有5人参与
|
|
我知道产生问题的原因是和坛子里的一个同学一样：水分子的两个HT原子之间不应该成键。在产生psf是出现的问题，可我不会解决，望大家帮忙 在运行后出现这个问题：UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR HT HT OT（如图）  这是我的命令： 去掉硫酸根： mol load pdb 1KIM.pdb set sel [atomselect top "not resname SO4"] $sel writepdb 1kims.pdb $sel writepsf 1kims.psf exit 去掉THM： mol load pdb 1kims.pdb set sel [atomselect top "not resname THM"] $sel writepdb 1kimst.pdb exit 分链： mol load pdb 1kimst.pdb set a {atomselect top "protein and chain A"] set b {atomselect top "protein and chain B"] $a writepdb 1kimstA.pdb $b writepdb 1kimstB.pdb exit mol load pdb 1kimst.pdb set a {atomselect top "water and chain A"] set b {atomselect top "water and chain B"] $a writepdb crystwatA.pdb $b writepdb crystwatB.pdb exit 产生psf： package require psfgen topology top_all27_prot_lipid.inp pdbalias residue HIS HSE pdbalias atom ILE CD1 CD pdbalias atom HOH O OH2 pdbalias residue HOH TIP3 foreach S { A B } { segment $S { pdb 1kimst$S.pdb } coordpdb 1kimst$S.pdb $S regenerate angles dihedrals segment WC$S { auto none pdb crystwat$S.pdb } coordpdb crystwat$S.pdb WC$S } guesscoord writepdb 1kim.pdb writepsf 1kim.psf 加水： set all [atomselect top all] measure minmax $all package require solvate solvate 1kim.psf 1kim.pdb -o 1kim_wb -b 1.5 -minmax {{-10 48 8} {70 120 80}} 平衡动力学： |
回复此楼» 猜你喜欢
急需审稿人！！！
已经有3人回复
-
申博/考博
已经有8人回复
-
一志愿A区211，22408 321求调剂
已经有8人回复
-
295分求调剂
已经有6人回复
-
一志愿中科大材料与化工，353分还有调剂学校吗
已经有13人回复
-
085600材料与化工调剂
已经有6人回复
-
期刊推荐
已经有5人回复
-
有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业
已经有7人回复
-
又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗
已经有4人回复
-
337求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【转载】石大毕业生近三年心得！
已经有23人回复
- 【讨论】“米饭实验”的启示
已经有32人回复
- 【原创】两种热虹吸塔在HYSYS中的动态实现及分析
已经有7人回复
- 【讨论】请大家分析这三个化合物的水溶性
已经有7人回复
- 【原创】非变性凝胶电泳原理及应用实例
已经有48人回复
- 【求助】我是做水分子模拟的这下子无语了
已经有14人回复
- 【资源】催化剂制备中浸渍（等体积浸渍）不断改进
已经有151人回复
- 【讨论】全钒液流电池中的水迁移问题
已经有1人回复
- 【讨论】gaussian优化中对游离小分子的处理
已经有0人回复
- 【转帖】极化连续介质模型（PCM）
已经有12人回复
- 【专题】PCR实验技术指南
已经有535人回复
- 【分享】过柱子总结（吸附剂与洗脱剂）
已经有224人回复
- 【讨论】如何计算两分子间的有效相互作用力
已经有12人回复
- 催化版上2008-04-25前 沸石分子筛，ZSM-系、SAPO-系 共466个话题集锦
已经有110人回复
2楼2010-12-17 15:10:00
|
帮顶一下。。。 |
3楼2010-12-17 15:10:18
4楼2010-12-17 15:40:16
coolrainbow
木虫 (著名写手)
未来国家冻凉
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.1
- 金币: 3979.5
- 散金: 10
- 红花: 50
- 帖子: 1137
- 在线: 272.3小时
- 虫号: 239560
- 注册: 2006-04-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2010-12-17 16:43:00
6楼2010-12-17 17:15:22
7楼2010-12-17 17:56:05
xiong.li0903
铁虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 16838.1
- 散金: 500
- 帖子: 2416
- 在线: 23.9小时
- 虫号: 2698007
- 注册: 2013-10-04
- 专业: 半导体电子器件
8楼2014-12-20 04:06:34
9楼2016-11-10 11:09:19
5