24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 833.9
散金: 103
红花: 1
帖子: 449
在线: 101.7小时
虫号: 968803
注册: 2010-03-12
性别: GG
专业: 分子模拟

[交流] 【讨论】水分子的两个HT原子之间不应该成键已有5人参与

我知道产生问题的原因是和坛子里的一个同学一样：水分子的两个HT原子之间不应该成键。在产生psf是出现的问题，可我不会解决，望大家帮忙
在运行后出现这个问题：UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR HT HT OT（如图）

这是我的命令：
去掉硫酸根：
mol load pdb 1KIM.pdb
set sel [atomselect top "not resname SO4"]
$sel writepdb 1kims.pdb
$sel writepsf 1kims.psf
exit
去掉THM：
mol load pdb 1kims.pdb
set sel [atomselect top "not resname THM"]
$sel writepdb 1kimst.pdb
exit
分链：
mol load pdb 1kimst.pdb
set a {atomselect top "protein and chain A"]
set b {atomselect top "protein and chain B"]
$a writepdb 1kimstA.pdb
$b writepdb 1kimstB.pdb
exit
mol load pdb 1kimst.pdb
set a {atomselect top "water and chain A"]
set b {atomselect top "water and chain B"]
$a writepdb crystwatA.pdb
$b writepdb crystwatB.pdb
exit

产生psf：
package require psfgen
topology top_all27_prot_lipid.inp
pdbalias residue HIS HSE
pdbalias atom ILE CD1 CD
pdbalias atom HOH O OH2
pdbalias residue HOH TIP3
foreach S { A B } {
segment $S {
pdb 1kimst$S.pdb
}
coordpdb 1kimst$S.pdb $S
regenerate angles dihedrals
segment WC$S {
auto none
pdb crystwat$S.pdb
}
coordpdb crystwat$S.pdb WC$S
}
guesscoord
writepdb 1kim.pdb
writepsf 1kim.psf

加水：
set all [atomselect top all]
measure minmax $all
package require solvate
solvate 1kim.psf 1kim.pdb -o 1kim_wb -b 1.5 -minmax {{-10 48 8} {70 120 80}}
平衡动力学：

回复此楼

» 猜你喜欢

博士读完未来一定会好吗已经有21人回复
导师想让我从独立一作变成了共一第一已经有5人回复
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗已经有11人回复
读博已经有4人回复
JMPT 期刊投稿流程已经有4人回复
心脉受损已经有5人回复
Springer期刊投稿求助已经有4人回复
小论文投稿已经有3人回复
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了已经有9人回复
申请2026年博士已经有6人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

【转载】石大毕业生近三年心得！已经有23人回复
【讨论】“米饭实验”的启示已经有32人回复
【原创】两种热虹吸塔在HYSYS中的动态实现及分析已经有7人回复
【讨论】请大家分析这三个化合物的水溶性已经有7人回复
【原创】非变性凝胶电泳原理及应用实例已经有48人回复
【求助】我是做水分子模拟的这下子无语了已经有14人回复
【资源】催化剂制备中浸渍（等体积浸渍）不断改进已经有151人回复
【讨论】全钒液流电池中的水迁移问题已经有1人回复
【讨论】gaussian优化中对游离小分子的处理已经有0人回复
【转帖】极化连续介质模型（PCM）已经有12人回复
【专题】PCR实验技术指南已经有535人回复
【分享】过柱子总结（吸附剂与洗脱剂）已经有224人回复
【讨论】如何计算两分子间的有效相互作用力已经有12人回复
催化版上2008-04-25前沸石分子筛，ZSM-系、SAPO-系共466个话题集锦已经有110人回复

1楼2010-12-17 14:38:06

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xiong.li0903

铁虫 (著名写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 16838.1
散金: 500
帖子: 2416
在线: 23.9小时
虫号: 2698007
注册: 2013-10-04
专业: 半导体电子器件

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

引用回帖:

7楼: Originally posted by nufang19a at 2010-12-17 17:56:05
解决了，谢谢coolrainbow 的提醒，十分感谢。
把top..27.inp中的H1和H2删掉就可以了

是怎么删的啊？
是把这两行删掉吗？
MASS 1 H 1.00800 H ! polar H
MASS 2 HC 1.00800 H ! N-ter H

赞一下

回复此楼

8楼2014-12-20 04:06:34

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 9 个回答

zyj8119

引用回帖:

Originally posted by nufang19a at 2010-12-17 14:38:06:
我知道产生问题的原因是和坛子里的一个同学一样：水分子的两个HT原子之间不应该成键。在产生psf是出现的问题，可我不会解决，望大家帮忙
在运行后出现这个问题：UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR HT HT OT（ ...

帮顶一下。。。

3楼2010-12-17 15:10:18

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖