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nufang19a

金虫 (正式写手)

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[交流] 【讨论】水分子的两个HT原子之间不应该成键已有5人参与

我知道产生问题的原因是和坛子里的一个同学一样：水分子的两个HT原子之间不应该成键。在产生psf是出现的问题，可我不会解决，望大家帮忙
在运行后出现这个问题：UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR HT HT OT（如图）

这是我的命令：
去掉硫酸根：
mol load pdb 1KIM.pdb
set sel [atomselect top "not resname SO4"]
$sel writepdb 1kims.pdb
$sel writepsf 1kims.psf
exit
去掉THM：
mol load pdb 1kims.pdb
set sel [atomselect top "not resname THM"]
$sel writepdb 1kimst.pdb
exit
分链：
mol load pdb 1kimst.pdb
set a {atomselect top "protein and chain A"]
set b {atomselect top "protein and chain B"]
$a writepdb 1kimstA.pdb
$b writepdb 1kimstB.pdb
exit
mol load pdb 1kimst.pdb
set a {atomselect top "water and chain A"]
set b {atomselect top "water and chain B"]
$a writepdb crystwatA.pdb
$b writepdb crystwatB.pdb
exit

产生psf：
package require psfgen
topology top_all27_prot_lipid.inp
pdbalias residue HIS HSE
pdbalias atom ILE CD1 CD
pdbalias atom HOH O OH2
pdbalias residue HOH TIP3
foreach S { A B } {
segment $S {
pdb 1kimst$S.pdb
}
coordpdb 1kimst$S.pdb $S
regenerate angles dihedrals
segment WC$S {
auto none
pdb crystwat$S.pdb
}
coordpdb crystwat$S.pdb WC$S
}
guesscoord
writepdb 1kim.pdb
writepsf 1kim.psf

加水：
set all [atomselect top all]
measure minmax $all
package require solvate
solvate 1kim.psf 1kim.pdb -o 1kim_wb -b 1.5 -minmax {{-10 48 8} {70 120 80}}
平衡动力学：

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1楼2010-12-17 14:38:06

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nufang19a

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2楼2010-12-17 15:10:00

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zyj8119

引用回帖:

Originally posted by nufang19a at 2010-12-17 14:38:06:
我知道产生问题的原因是和坛子里的一个同学一样：水分子的两个HT原子之间不应该成键。在产生psf是出现的问题，可我不会解决，望大家帮忙
在运行后出现这个问题：UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR HT HT OT（ ...

帮顶一下。。。

3楼2010-12-17 15:10:18

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