| 查看: 2210 | 回复: 8 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
shaquila金虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助/交流】3'RACE 结果有问题～～～ 已有3人参与
|
||
|
用clontech的试剂盒做的3'race反转，一共做了两个基因～～ 做了一次nest pcr 得到比较单一的条带（600bp左右，kodplus 回收加A），回收连18t测序摇菌测序～～ 其中一个基因A，三个克隆的序列都是一致的，和NCBI的DNA序列也是一样～～ 另一个基因B就有点古怪了，菌液PCR结果有部分条带比回收带小的，当时取了5个测序（3个正常带，2个较小的条带），2个较小的带靠近GSP区200bp是目的序列，后面是来自另一条染色体的序列，3个正常的带结果还算正常，只是它们长度不同 如图所示  而且有两个疑问 1.多出来的序列在基因组中能够匹配，但是polyA之前的第一个序列与基因组不匹配，如C应该为T，排除测序问题，送了两个公司测，不同的克隆 2.根据clontech的引物说明，反转用的引物序列如下所示，polyA有30个，两个基因都没有这么多，A有24个，B的两个测序产物只有14和13，不知道为什么会这样，求解～～ 3'-RACE CDS Primer A (3'-CDS; 12 µM) 5'–AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTAC(T)30 V N–3' (N = A, C, G, or T; V = A, G, or C) 附3’引物混合物序列： 10X Universal Primer A Mix (UPM) Long (0.4 µM): 5'–CTAATACGACTCACTATAGGGCAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT–3' Short (2 µM): 5'–CTAATACGACTCACTATAGGGC–3 [ Last edited by shaquila on 2010-12-15 at 16:00 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有109人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
-
氢氧化钾活化操作
已经有18人回复
-
散金
已经有68人回复
-
生物质超级电容器
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 3'RACE做了几次，为什么老是这样子，大家看一下帮帮忙吧，苦闷死了！~
已经有10人回复
- 【求助/交流】求助3'-RACE问题
已经有10人回复
- 【求助/交流】5'-RACE求助
已经有8人回复
- 【求助/交流】进行pcr克隆时，出现拖尾现象
已经有6人回复
- 【求助/交流】用水PCR出1K条带
已经有8人回复
shaquila
金虫 (正式写手)
- MolEPI: 5
- 应助: 37 (小学生)
- 金币: 1484.8
- 散金: 59
- 红花: 14
- 帖子: 553
- 在线: 182.3小时
- 虫号: 654839
- 注册: 2008-11-15
- 专业: 生物大分子结构与功能
★
silicare(金币+1):鼓励上图 2010-12-27 11:51:23
silicare(金币+1):鼓励上图 2010-12-27 11:51:23
|
嗯，谢谢楼上，觉得很奇怪，是不是没有拿到3‘全长，3个正常带中有两个比较短20个bp，另外这个基因的polyA前面的第一个碱基在基因组中总是不匹配～～ 另外问个5’问题，用的也是clontech的试剂盒，RNA接头连上后反转， 试了takara的几个pcr聚合酶，都没有条带，然后换toyobo的kod酶（做3‘时候发现用takara酶的LA也没有条带，后来用kod才出来），两个基因设计8对引物，其中有条带，但是有杂带～～ 二次出来有两条引物条带很亮，但是测序结果都不对，在引物中间的序列乱七八糟，在blast比对后，发现在基因组中有多拷贝，估计是什么组蛋白之类高丰度的mRNA。 把产物稀释后做nested pcr，基本没有条带，是不是排除了酶和引物的问题,是5’race没有做好～～ 最近一次的结果如图所示： 1-4引物是基因A，5-7引物基因B 4的nested引物是引物2 5的nested引物是引物6  [ Last edited by shaquila on 2010-12-23 at 18:16 ] |
7楼2010-12-23 18:14:38
shaquila
金虫 (正式写手)
- MolEPI: 5
- 应助: 37 (小学生)
- 金币: 1484.8
- 散金: 59
- 红花: 14
- 帖子: 553
- 在线: 182.3小时
- 虫号: 654839
- 注册: 2008-11-15
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2010-12-16 12:51:36
5楼2010-12-23 15:47:21
6楼2010-12-23 15:49:13
