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汕头大学海洋科学接受调剂
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46437772

木虫 (小有名气)

[交流] 【原创】如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路 已有14人参与

有一些基因,打算确定他们分别和哪些代谢通路相关,想从KEGG里定位,请问有高手知道如何实现么?

我把我摸索的提供一下,可能看起来很简单,但是对于从来不知道的(比如以前的我)朋友,找起来可能有点小麻烦

以Human的个别基因为例!

首先打开网址:http://www.genome.jp/kegg/tool/color_pathway.html




图中标示了红色1,2,3,为我们操作的地方!
其中,1是下拉菜单,选择感兴趣的物种,默认是Reference Pathway,我选择Homo sapiens(Human)为例;2是输入感兴趣基因的地方,当然修改好格式的文档也可以直接上传,文本文档可以支持,其他的没试过。3是执行按钮。

此处,需要说明一下:fgcolor为前景颜色(个人理解),默认即可,无需关注;bgcolor为背景颜色,将来会在代谢通路中以此颜色突出显示你关注的基因,所以建议设置一下,我的示例数据如下图:



点击第一张图中的3,即Exec,应该出来下面的结果:



下面各位就可以点击相关的pathway看看你的基因位置啦

发这样的帖子挺费劲儿啊,第一次还搞错了,图片又重新上传编辑的!
所以在此对曾经发帖的朋友表示一下敬佩和感谢!


希望和感兴趣的朋友多多交流!

[ Last edited by 46437772 on 2010-12-15 at 22:01 ]
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46437772

木虫 (小有名气)

rainwander:哈哈,恭喜,有经验了可以与大家一起分享一下嘛 2010-12-15 17:27:07
搞定了,看来坐等高人,不如自己动手啊
3楼2010-12-15 16:17:53
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虫子739

铁虫 (小有名气)

关注


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我也需要学习这块内容,正准备恶补~希望会虫友多多交流!
7楼2011-03-09 22:51:26
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46437772

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 虫子739 at 2011-03-10 12:14:32:
刚接触KEGG,还比较糊涂。请问能讲讲吗?

不知道你想听哪方面的咧?我也不是很通,可用一起学习
9楼2011-03-10 17:09:42
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普通回帖

scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人

引用回帖:
Originally posted by 46437772 at 2010-12-15 15:54:57:
有一些基因,打算确定他们分别和哪些代谢通路相关,想从KEGG里定位,请问有高手知道如何实现么?

偶也想知道,坐等高人
小木虫之有关部门负责人
2楼2010-12-15 16:04:11
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46437772

木虫 (小有名气)

搞了半天还是沉了 唉。。。
4楼2010-12-15 22:02:26
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haitian0625

金虫 (小有名气)

我来帮忙顶一下子,对我有用哦。
5楼2010-12-16 10:17:59
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46437772

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by haitian0625 at 2010-12-16 10:17:59:
我来帮忙顶一下子,对我有用哦。

多谢顶帖!
6楼2010-12-16 10:19:07
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虫子739

铁虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 46437772 at 2010-12-15 16:17:53:
搞定了,看来坐等高人,不如自己动手啊

刚接触KEGG,还比较糊涂。请问能讲讲吗?
8楼2011-03-10 12:14:32
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ailunwen

铜虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
求高人给予帮助关怀!
爱知识,长智慧!
10楼2011-06-30 08:38:09
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