24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 4535  |  回复: 22

46437772

木虫 (小有名气)

[交流] 【原创】如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路 已有14人参与

有一些基因,打算确定他们分别和哪些代谢通路相关,想从KEGG里定位,请问有高手知道如何实现么?

我把我摸索的提供一下,可能看起来很简单,但是对于从来不知道的(比如以前的我)朋友,找起来可能有点小麻烦

以Human的个别基因为例!

首先打开网址:http://www.genome.jp/kegg/tool/color_pathway.html




图中标示了红色1,2,3,为我们操作的地方!
其中,1是下拉菜单,选择感兴趣的物种,默认是Reference Pathway,我选择Homo sapiens(Human)为例;2是输入感兴趣基因的地方,当然修改好格式的文档也可以直接上传,文本文档可以支持,其他的没试过。3是执行按钮。

此处,需要说明一下:fgcolor为前景颜色(个人理解),默认即可,无需关注;bgcolor为背景颜色,将来会在代谢通路中以此颜色突出显示你关注的基因,所以建议设置一下,我的示例数据如下图:



点击第一张图中的3,即Exec,应该出来下面的结果:



下面各位就可以点击相关的pathway看看你的基因位置啦

发这样的帖子挺费劲儿啊,第一次还搞错了,图片又重新上传编辑的!
所以在此对曾经发帖的朋友表示一下敬佩和感谢!


希望和感兴趣的朋友多多交流!

[ Last edited by 46437772 on 2010-12-15 at 22:01 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

bioinfomatics 零碎集

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

46437772

木虫 (小有名气)

rainwander:哈哈,恭喜,有经验了可以与大家一起分享一下嘛 2010-12-15 17:27:07
搞定了,看来坐等高人,不如自己动手啊
3楼2010-12-15 16:17:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

虫子739

铁虫 (小有名气)

关注


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我也需要学习这块内容,正准备恶补~希望会虫友多多交流!
7楼2011-03-09 22:51:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

46437772

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 虫子739 at 2011-03-10 12:14:32:
刚接触KEGG,还比较糊涂。请问能讲讲吗?

不知道你想听哪方面的咧?我也不是很通,可用一起学习
9楼2011-03-10 17:09:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人

引用回帖:
Originally posted by 46437772 at 2010-12-15 15:54:57:
有一些基因,打算确定他们分别和哪些代谢通路相关,想从KEGG里定位,请问有高手知道如何实现么?

偶也想知道,坐等高人
小木虫之有关部门负责人
2楼2010-12-15 16:04:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

46437772

木虫 (小有名气)

搞了半天还是沉了 唉。。。
4楼2010-12-15 22:02:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haitian0625

金虫 (小有名气)

我来帮忙顶一下子,对我有用哦。
5楼2010-12-16 10:17:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

46437772

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by haitian0625 at 2010-12-16 10:17:59:
我来帮忙顶一下子,对我有用哦。

多谢顶帖!
6楼2010-12-16 10:19:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

虫子739

铁虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 46437772 at 2010-12-15 16:17:53:
搞定了,看来坐等高人,不如自己动手啊

刚接触KEGG,还比较糊涂。请问能讲讲吗?
8楼2011-03-10 12:14:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ailunwen

铜虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
求高人给予帮助关怀!
爱知识,长智慧!
10楼2011-06-30 08:38:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 46437772 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂求收留 +33 果然有我 2026-04-10 34/1700 2026-04-15 00:37 by zzzggc
[考研] 22408 312求调剂 +16 门路摸摸 2026-04-14 17/850 2026-04-14 23:59 by Xurambo2014
[考研] 药学305求调剂 +6 玛卡巴卡boom 2026-04-11 6/300 2026-04-14 19:48 by zhouxiaoyu
[基金申请] RY:中国产出的科学垃圾论文,绝对数量和比例都世界第一 +6 zju2000 2026-04-14 17/850 2026-04-14 14:34 by jurkat.1640
[考研] 一志愿华工085600 331分 +7 天下ww 2026-04-09 7/350 2026-04-13 09:01 by lhj2009
[考研] 291求调剂 +11 关忆北. 2026-04-09 12/600 2026-04-12 10:32 by 逆水乘风
[考研] 331求调剂 +5 王国帅 2026-04-11 5/250 2026-04-11 22:56 by 溪涧流水
[考研] 343求调剂 +9 王国帅 2026-04-10 9/450 2026-04-11 20:31 by dongdian1
[考研] 297求调剂 +9 Kwgyz 2026-04-09 9/450 2026-04-11 10:09 by zhq0425
[考研] 346,工科求调剂 +3 moser233 2026-04-09 3/150 2026-04-11 10:04 by zhq0425
[考研] 085402通信工程调剂,有4项学科竞赛国奖(电赛国二),硕士研究生调剂自荐信。 +5 m永o不v言o弃m 2026-04-09 5/250 2026-04-11 09:33 by zhq0425
[考研] 083200 305分 求二轮调剂 不接受跨专业 +9 Claireyyyy 2026-04-09 10/500 2026-04-10 21:21 by Claireyyyy
[考研] 309求调剂 +14 wdhw 2026-04-10 15/750 2026-04-10 21:06 by zhouxiaoyu
[考研] 一志愿矿大,材料工程专硕314分,0856可调都可以 +15 无懈可击的巨人 2026-04-09 15/750 2026-04-10 18:10 by hmn_wj
[考研] 282,电气工程专业,求调剂,不挑专业 +9 jggshjkkm 2026-04-10 9/450 2026-04-10 14:55 by 逆水乘风
[考研] 一志愿中南大学物理学,英一66,求调剂 +4 长烟旖旎 2026-04-08 5/250 2026-04-10 10:31 by 颖果儿
[考研] 调剂申请086000一志愿西北农林科技大学生物与医药320分-本科齐鲁工业大学 +3 美美女士 2026-04-09 3/150 2026-04-10 10:31 by liuhuiying09
[考研] 材料专硕初试分332一志愿西北工业大学, +12 故人?? 2026-04-09 12/600 2026-04-09 18:34 by Ccclqqq
[考研] 复试调剂,一志愿郑州大学材料与化工289分 +31 硕星赴 2026-04-08 31/1550 2026-04-09 16:54 by Delta2012
[考研] 349学科化学045106求调剂,化学类都可以 +8 保好懂懂 2026-04-08 8/400 2026-04-09 14:03 by xulei3024
信息提示
请填处理意见