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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【原创】如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路
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46437772

木虫 (小有名气)

[交流] 【原创】如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路 已有14人参与

有一些基因，打算确定他们分别和哪些代谢通路相关，想从KEGG里定位，请问有高手知道如何实现么？

我把我摸索的提供一下，可能看起来很简单，但是对于从来不知道的（比如以前的我）朋友，找起来可能有点小麻烦

以Human的个别基因为例！

首先打开网址：http://www.genome.jp/kegg/tool/color_pathway.html，




图中标示了红色1，2，3，为我们操作的地方！
其中，1是下拉菜单，选择感兴趣的物种，默认是Reference Pathway，我选择Homo sapiens(Human)为例；2是输入感兴趣基因的地方，当然修改好格式的文档也可以直接上传，文本文档可以支持，其他的没试过。3是执行按钮。

此处，需要说明一下：fgcolor为前景颜色（个人理解），默认即可，无需关注；bgcolor为背景颜色，将来会在代谢通路中以此颜色突出显示你关注的基因，所以建议设置一下，我的示例数据如下图：



点击第一张图中的3，即Exec，应该出来下面的结果：



下面各位就可以点击相关的pathway看看你的基因位置啦

发这样的帖子挺费劲儿啊，第一次还搞错了，图片又重新上传编辑的！
所以在此对曾经发帖的朋友表示一下敬佩和感谢！

希望和感兴趣的朋友多多交流！

[ Last edited by 46437772 on 2010-12-15 at 22:01 ]
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1楼 2010-12-15 15:54:57
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46437772

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 虫子739 at 2011-03-10 12:14:32:
刚接触KEGG，还比较糊涂。请问能讲讲吗？

不知道你想听哪方面的咧？我也不是很通，可用一起学习
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2011-03-10 17:09:42
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
引用回帖:
Originally posted by 46437772 at 2010-12-15 15:54:57:
有一些基因，打算确定他们分别和哪些代谢通路相关，想从KEGG里定位，请问有高手知道如何实现么？

偶也想知道，坐等高人
赞一下 回复此楼
小木虫之有关部门负责人
2楼2010-12-15 16:04:11
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46437772

木虫 (小有名气)
rainwander:哈哈，恭喜，有经验了可以与大家一起分享一下嘛 2010-12-15 17:27:07
搞定了，看来坐等高人，不如自己动手啊
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-12-15 16:17:53
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46437772

木虫 (小有名气)
搞了半天还是沉了 唉。。。
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-15 22:02:26
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