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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请问大家如何做多肽类物质的同源模建呢？
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syd89522

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请问大家如何做多肽类物质的同源模建呢？

我现在打算模建一种32个氨基酸残基的多肽，在PDB里面搜索到多达100多种模板，序列相似度介于60%-90%之间，模板的肽链长度都在140左右，模建后局部构象均为两条α螺旋呈V字型排列，但是应用不同的模板所得到的构象有较大差异。老师说单纯通过同源模建得到的多肽结构不可信，因为多肽链所占整个模板比例太小，模板内部基团对于构象的影响难以确定。现在又没有实验结果作为支撑。请问相关方向的朋友，关于多肽类物质的同源模建问题应该如何解决呢？本人菜鸟，入行三个月，DS尚在学习中……
举例如图：
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1楼 2010-12-13 14:55:29
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syd89522

木虫 (小有名气)
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3楼2010-12-14 09:30:40
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RedGene

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
syd89522(金币+2):感谢沙发！ 2010-12-14 09:27:37
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-14 17:08:54
序列相似度介于60%-90%之间达到了同源模建的条件，可以做一下，作为参照。进一步可以考虑用Insight II去做局部，32个AA有什么特殊的空间结构，也许就是一条肽链而已，所以我觉得还是用Swiss-Modeling做就可以，试试麼。
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2楼2010-12-13 15:56:08
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