24小时热门版块排行榜    

查看: 703  |  回复: 2

syd89522

木虫 (小有名气)


[交流] 【求助】请问大家如何做多肽类物质的同源模建呢?

我现在打算模建一种32个氨基酸残基的多肽,在PDB里面搜索到多达100多种模板,序列相似度介于60%-90%之间,模板的肽链长度都在140左右,模建后局部构象均为两条α螺旋呈V字型排列,但是应用不同的模板所得到的构象有较大差异。老师说单纯通过同源模建得到的多肽结构不可信,因为多肽链所占整个模板比例太小,模板内部基团对于构象的影响难以确定。现在又没有实验结果作为支撑。请问相关方向的朋友,关于多肽类物质的同源模建问题应该如何解决呢?本人菜鸟,入行三个月,DS尚在学习中……
举例如图:
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

RedGene

铁杆木虫 (著名写手)


★ ★ ★
syd89522(金币+2):感谢沙发! 2010-12-14 09:27:37
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-14 17:08:54
序列相似度介于60%-90%之间达到了同源模建的条件,可以做一下,作为参照。进一步可以考虑用Insight II去做局部,32个AA有什么特殊的空间结构,也许就是一条肽链而已,所以我觉得还是用Swiss-Modeling做就可以,试试麼。
2楼2010-12-13 15:56:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

syd89522

木虫 (小有名气)


百度图片不支持外连,显示图片请复制链接查看。
3楼2010-12-14 09:30:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 syd89522 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 我不理解! +19 Edward_pc 2026-08-26 27/1350 2026-09-02 12:08 by Ai19911123
[基金申请] 要骂人了,新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西,结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 16/800 2026-09-02 12:07 by Ai19911123
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 10/500 2026-09-02 11:35 by 大不刘6
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题,而不是去凝练问题 +4 瞬息宇宙 2026-09-01 8/400 2026-09-02 10:35 by 瞬息宇宙
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +5 瞬息宇宙 2026-08-31 5/250 2026-09-02 10:13 by 雨冰共舞
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 8/400 2026-09-02 02:42 by Leogzhya
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
信息提示
请填处理意见