应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请问大家如何做多肽类物质的同源模建呢？
31/1返回列表
查看: 698  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

syd89522

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请问大家如何做多肽类物质的同源模建呢？

我现在打算模建一种32个氨基酸残基的多肽，在PDB里面搜索到多达100多种模板，序列相似度介于60%-90%之间，模板的肽链长度都在140左右，模建后局部构象均为两条α螺旋呈V字型排列，但是应用不同的模板所得到的构象有较大差异。老师说单纯通过同源模建得到的多肽结构不可信，因为多肽链所占整个模板比例太小，模板内部基团对于构象的影响难以确定。现在又没有实验结果作为支撑。请问相关方向的朋友，关于多肽类物质的同源模建问题应该如何解决呢？本人菜鸟，入行三个月，DS尚在学习中……
举例如图：
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-12-13 14:55:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

RedGene

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
syd89522(金币+2):感谢沙发！ 2010-12-14 09:27:37
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-14 17:08:54
序列相似度介于60%-90%之间达到了同源模建的条件，可以做一下，作为参照。进一步可以考虑用Insight II去做局部，32个AA有什么特殊的空间结构，也许就是一条肽链而已，所以我觉得还是用Swiss-Modeling做就可以，试试麼。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-12-13 15:56:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

syd89522

木虫 (小有名气)
百度图片不支持外连，显示图片请复制链接查看。
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-14 09:30:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 syd89522 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-29 22:27 by ZPa0EcMwuECS
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-29 21:33 by 4qO8zhfjr2AX
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-29 21:11 by 4qO8zhfjr2AX
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-29 20:07 by winsaint
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +5 德尚中行 2026-08-27 6/300 2026-08-29 18:10 by manplx
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-29 17:22 by 4FFAWE8HcgUD
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 14:02 by jCd0dEvKHShX
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 13:51 by jCd0dEvKHShX
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:51 by jCd0dEvKHShX
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 11:49 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:40 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭