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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】生成立方水体前后中心位置有变化，什么原因？？谢谢
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nufang19a

金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】生成立方水体前后中心位置有变化，什么原因？？谢谢 已有2人参与

在生成立方水体前后发现体系的中心位置有变化，是不是加水后在蛋白质内部有的地方水加的不合理啊??
package require solvate  
solvate 1kimz.psf 1kimz.pdb -t 8 -o 1kimz_wb


生成立方体前如图：

生成立方水体后：
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1楼 2010-12-10 12:00:27
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nufang19a

金虫 (正式写手)
自己顶，期待回答
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2楼2010-12-10 12:01:46
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nufang19a

金虫 (正式写手)
高手们，期待你们的回复啊
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3楼2010-12-10 12:39:50
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nufang19a

金虫 (正式写手)
自己接着顶
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4楼2010-12-10 14:56:15
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nufang19a

金虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励 2010-12-10 22:49:18
自己顶后，自己回答：
贴子中的差别不大且是正常的，因为加水前是蛋白的，加水后是水盒子的，所以有差别。另外，我这个蛋白是二聚体，一开始我以为是因为加水后，有的空腔不该加水的水加进去了，一开始一位是这个原因造成的，后来经别人提醒才想到，水是游离的，即使加水时在某个空腔不加水，加水后水分子也会游离进去的，除非在特别的位置加结晶水。这又是一个问题啊，自己根本没想到过还有加结晶水这一回事。学要努力学习啊
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6楼2010-12-10 19:07:49
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