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侯云hy

金虫 (小有名气)

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[交流] 【求助/交流】这退火温度怎么算啊已有5人参与

各位高手：我设计的引物，上游加了GC夹子，公司给的TM值是86度，下游引物没有夹子。退火温度为53度。这退火温度怎么算啊？谢谢指教

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1楼2010-11-28 11:11:51

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fjt198719

木虫 (著名写手)

永远的菜鸟

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这是我第三次回复类似问题了

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+2):鼓励交流！ 2010-11-28 15:26:26

本人从来不计算TM值，因为一般都是直接把目的基因全部扩增出来，设计引物都是直接手写，酶切位点当然要用软件分析下才选择的（载体上有，目的基因上无，双酶切效果好点的），扩增200-3000片段全部没得问题。SOE-PCR也没的问题，就是直接融合5个片段也没的问题，设计的中间融合引物都是50bp跟30bp的引物一起扩增，刚刚的（这里引物合成单上写的50bp的引物退火温度都是80度左右，30bp的是65左右，而我扩增的退火温度是57度，可以看出来单子上写的没用）。
本人粗略认为退火温度只与目的菌株的GC含量有关