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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】MS中建立amorphous cell时如何修改其周期边界条件
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黄河之恋

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MS中建立amorphous cell时如何修改其周期边界条件

各位大侠，我创建了包含4个单体的homopolymer型的聚乙烯链，然后想在Amorphous Cell Tools模块里建立amorphous cell，下图是创建amorphous cell的窗口和构建后的包含10条PE链的晶胞。构建晶胞时，系统默认的是XYZ三个方向上都建立了周期边界边界条件（如标记处所示）。
问一下各位，如何进行设置，使XY方向上建立周期边界条件，而在Z方向上自由？
谢谢各位了！
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1楼 2010-11-25 14:07:24
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
黄河之恋(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-26 12:55:41
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-18 20:53:19
建好三维周期性模型后，Cleave Surface
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3楼2010-11-25 23:42:26
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萱月琪琪

金虫 (正式写手)
★
黄河之恋(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by 黄河之恋 at 2010-11-25 14:07:24:
各位大侠，我创建了包含4个单体的homopolymer型的聚乙烯链，然后想在Amorphous Cell Tools模块里建立amorphous cell，下图是创建amorphous cell的窗口和构建后的包含10条PE链的晶胞。构建晶胞时，系统默认的是XYZ ...

问题解决了吗？怎么解决的？
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6楼2011-04-18 19:35:22
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)
★
黄河之恋(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by niliu at 2010-11-25 23:42:26:
建好三维周期性模型后，Cleave Surface

使用cleave surface只能做出个表面出来，表面就是体材料按晶向截面。

如果建表面，就应该建包，加真空层
1.Build->Surfaces->Cleave surface，切割晶体，得到一个二维（u,v）的平面——只有二维周期性
2.Build->Crystals->Build Vacuum Slab，在表面上方建立一个真空层。

[ Last edited by 御剑江湖 on 2011-4-18 at 21:38 ]
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7楼2011-04-18 20:55:55
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)
MS中建立表面的过程大致就是:
先导入体材结构,之后build->surfaces->cleave surface,在cleave surface对话框中可以具体的设置表面参数.
首先是surface box,这页中的参数比较容易填写.
cleave plane选项是你要切割的表面,你要选择哪个表面肯定是确定的,因此没有什么说的
TOP是体材中平面所在的位置,某一方向的面,在体材中可能截取在不同的位置上.
Depth是截取的slab的厚度,建议多取一些,建立模型之后觉得取多了可以删除,如果取少了还得返工.

觉得建立表面,尤其是界面,关键的问题多是在Surface mash分页选项中
我们知道,对于同一个晶体结构,如果选择晶格矢量的不同,那么得到的晶胞形状是差很多的.对于表面,Surface vectors(也就是前面提到的u,v)就是它的晶格矢量.如果单纯考虑一个表面的话,选择什么基失都没有关系,选择最小的重复单元就可以了.但是如果建立界面则需要考虑匹配的问题,选择的结构单元不对则两个表面匹配不上.比如有时看到类似(根号3)*(根号3)这样的表面(不会输入"根号",丢人了),这是表示使用的基失是最小基失的(根号3)倍长.但郁闷的是文献中提供的信息一般只到这里,具体这个长度对应哪个方向还要自己找.
具体设置的时候,u,v就是两个基失方向,注意的是u,v一定要在所选平面内,并且两个矢量不平行,否则会出错.
Mesh origin晶格矢量原点所在位置,这个不是很重要
至此,表面的切割就基本完成了,点cleave完成
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数峰青820
8楼2011-04-18 22:19:31
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