应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】Transiesta 计算出错
51/1返回列表
查看: 2179  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

freewain

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】Transiesta 计算出错

大家好，我在计算 ZnO 纳米线的输运性质。这是我的输入文件：

#General system descriptors
SystemLabel                ZnO
SystemName                Au-ZnO-Au

NumberOfSpecies        3
NumberOfAtoms        50

%block ChemicalSpeciesLabel
1   30   Zn
2    8    O
3   79   Au
%endblock ChemicalSpeciesLabel

#Basis set and KB projectors
PAO.BasisSize                DZP
PAO.EnergyShift                0.02 Ry

#Structural information
LatticeConstant                1.00 Ang
MD.UseStructFile        true
WriteCoorXmol                true
WriteMDXmol                true

#k-point sampling
%block kgrid_Monkhorst_Pack
1  0  0   0.0
0  1  0   0.0
0  0 30   0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

#Exchange-correlation functionals
XC.functional                GGA
XC.authors                PBE

#SCF loop
MaxSCFIterations        150
DM.MixingWeight                0.05
DM.NumberPulay                5

#Other
MeshCutoff                400 Ry
SaveHS                        true
SolutionMethod                transiesta

#Band structure analysis
BandLinesScale                ReciprocalLatticeVectors
%block BandLines
1   0.0  0.0  0.0  \Gamma
20   0.0  0.0  0.5  X
%endblock BandLines

#DOS
%block ProjectedDensityOfStates
-10.0   5.0   0.10   151   eV
%endblock ProjectedDensityOfStates

%block LocalDensityOfStates
-6.00   2.00   eV
%endblock LocalDensityOfStates

COOP.Write                        true

#charge densities and potentials on the grid
SaveRho                                true
SaveDeltaRho                true
SaveElectrostaticPotential        true
SaveTotalPotential        true

WriteDenchar                true

#Relaxation
MD.TypeOfRun                CG
MD.NumCGSteps                0

UseSaveData                true

WriteMDhistory                true

%block GeometryConstraints
  position                from  1 to  19
  position                 from -1 to -19
%endblock GeometryConstraints

TS.HSFileLeft                 /home/niu/new/elec/Au.TSHS
TS.NumUsedAtomsLeft        19
TS.HSFileRight                /home/niu/new/elec/Au.TSHS
TS.NumUsedAtomsRight        19

TS.ComplexContour.Emin                -50.0 eV
TS.ComplexContour.NPoles        03
TS.ComplexContour.NCircle        30
TS.ComplexContour.NLine                10
TS.BiasContour.NumPoints        20
WriteEigenValues                true

TS.SaveHS                true
TS.MixH                        true

TS.TBT.NPoints                400
TS.TBT.Emin                -1.00 eV
TS.TBT.Emax                 1.00 eV
TS.TBT.OutputRegionData        False
TS.TBT.NEigen                5
TS.TBT.PDOSFrom                3
TS.TBT.PDOSTo                9
TS.Voltage                -1.00 eV

但是计算中间出现错误，输入文件的后半部分是这样的：

Begin LEFT  
unit cell:
37.7945  0.0000  0.0000
  0.0000 37.7945  0.0000
  0.0000  0.0000 13.0819
Size:         81225
Efermi:   -3.6748994224532205E-002
GF: Spin number ->             1
Got LEFT   Electrode GF
Done
Begin RIGHT
unit cell:
37.7945  0.0000  0.0000
  0.0000 37.7945  0.0000
  0.0000  0.0000 13.0819
Size:         81225
Efermi:    3.6748994224532205E-002
GF: Spin number ->             1
Got RIGHT  Electrode GF
Done
L-ELEC: lastoL:             0           15           30           45
           60           75           90          105          120          135
          150          165          180          195          210          225
          240          255          270          285
R-ELEC: lastoR:             0           15           30           45
           60           75           90          105          120          135
          150          165          180          195          210          225
          240          255          270          285
TRANSIESTA: Initializing lists
From SIESTA: Efermi=  -3.171
qc0 :   0.000
qcn0 : 419.530
nou,NGL,NGR:          738          285          285
TranSiesta: Qsol,Qtot:  526.113  526.000    1.000

* Maximum dynamic memory allocated =   423 MB

siesta: Program's energy decomposition (eV):
siesta: Ebs     =     -3712.819471
siesta: Eions   =     56290.310725
siesta: Ena     =      2049.915289
siesta: Ekin    =     35787.957698
siesta: Enl     =    -18060.566835
siesta: DEna    =       301.485341
siesta: DUscf   =        36.453196
siesta: DUext   =         0.000000
siesta: Exc     =   -131533.815024
siesta: eta*DQ  =         0.000000
siesta: Emadel  =         0.000000
siesta: Emeta   =         0.000000
siesta: Emolmec =         0.000000
siesta: Ekinion =         0.000000
siesta: Eharris =   -167708.882424
siesta: Etot    =   -167708.881061
siesta: FreeEng =   -167708.881061

transiesta: TSiscf   Eharris(eV)      E_KS(eV)   FreeEng(eV)   dDmax  Ef(eV)
transiesta:   1  -167708.8824  -167708.8811  -167708.8811  0.0001 -3.1707
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       0.000   0.00
elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF        1       0.000   0.00
timer: Routine,Calls,Time,% = TS             1    3611.599  89.88
elaps: Routine,Calls,Wall,% = TS             1     902.900  89.88
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1    3992.787  99.36
elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF        1     998.197  99.36

siesta: E_KS(eV) =          -167708.8811

siesta: E_KS - E_eggbox =   -167708.8811
rank 0 in job 5  amd_34368   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9

请问这是什么原因造成的呢？谢谢解答：）
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-18 15:11:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiongxiong5712

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1981535楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-11-19 09:42:03
z方向在做输运的时候，自动忽略掉k点的设置，程序会按照1来做的。
但是这个kz值在做开始的SIESTA的时候可能会用到。...

原来这样，谢谢guangping兄了，我还得多学习学习。
赞一下 回复此楼
9楼2012-11-19 10:05:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
freewain(金币+1):谢谢参与
freewain(金币+9):谢谢广平师兄！问题解决了。我是测好电极距离后直接拿过来用了，也没删掉态密度的内容。上面的运算是出错之后又计算的，TSDE是第一遍就算出来的。不过之后的计算，每次会使用上一次的TSDE和DM文件。 2010-11-18 17:58:08
sunyang1988(金币+3):谢谢指点 2010-11-18 22:02:15
引用回帖:
Originally posted by freewain at 2010-11-18 08:11:28:
大家好，我在计算 ZnO 纳米线的输运性质。这是我的输入文件：

#General system descriptors
SystemLabel                ZnO
SystemName                Au-ZnO-Au

NumberOfSpecies        3
NumberOfAtoms        50

%block ChemicalSpeciesLab ...

你把你的输入文件里面加上一行
TS.CalcGF  F
并且把下面的东西注释掉
#Band structure analysis
BandLinesScale                ReciprocalLatticeVectors
%block BandLines
1   0.0  0.0  0.0  \Gamma
20   0.0  0.0  0.5  X
%endblock BandLines

#DOS
%block ProjectedDensityOfStates
-10.0   5.0   0.10   151   eV
%endblock ProjectedDensityOfStates

%block LocalDensityOfStates
-6.00   2.00   eV
%endblock LocalDensityOfStates
（这三项，尤其是LDOS，能带，好像不能在算输运的时候算。因为他不是一个周期体系了，怎么算能带。LDOS只有方法是Diagon的时候能算的。）
还在你的原来那个目录计算。看一下这次行不行。主要是再算一次。看到你好像用的是已经收敛好的*TSDE算的。如果是这样，这个TSDE是怎么得到的呢？计算到这儿，已经到了结尾部分了。

[ Last edited by zhangguangping on 2010-11-18 at 09:11 ]
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-11-18 16:01:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+2):谢谢指点 2010-11-18 22:02:34
引用回帖:
Originally posted by freewain at 2010-11-18 08:11:28:
大家好，我在计算 ZnO 纳米线的输运性质。这是我的输入文件：

#General system descriptors
SystemLabel                ZnO
SystemName                Au-ZnO-Au

NumberOfSpecies        3
NumberOfAtoms        50

%block ChemicalSpeciesLab ...

找到出错原因了？原因是什么啊？可以分享一下。是我猜测的原因吗？以后想用上一个计算的密度，直接用*TSDE文件就行。如果没有*TSDE，还想加速的话，就是用*DM。程序会先检查*TSDE文件，如果没有才去找*DM文件的。如果两个都没有，那么就从头计算，先产生*DM,再去产生*TSDE。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-11-18 21:48:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

freewain

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-11-18 21:48:34:

找到出错原因了？原因是什么啊？可以分享一下。是我猜测的原因吗？以后想用上一个计算的密度，直接用*TSDE文件就行。如果没有*TSDE，还想加速的话，就是用*DM。程序会先检查*TSDE文件，如果没有才去找*DM文件的 ...

就是广平师兄你说的原因，把那些注释掉就好了。

另外一个问题，算完 transiesta 之后，再算 tbtrans，结果现在一个多小时了，输出文件一直停在 Starting K-Point loop for spin: 1 那里。我查了一下官方的邮件列表，一共有两个相同问题的邮件，你回答了其中一个，说这是正常情况，只要慢慢等就可以了。可是时间也太久了。。。
赞一下 回复此楼
4楼2010-11-18 23:30:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 环境工程调剂 +8 大可digkids 2026-03-16 8/400 2026-03-18 09:36 by zhukairuo
[基金申请] 被我言中：新模板不强调格式了，假专家开始管格式了 +4 beefly 2026-03-14 4/200 2026-03-17 22:04 by 黄鸟于飞Chao
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林，给自己招师弟中～ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +8 一鸭鸭哟 2026-03-14 10/500 2026-03-17 15:07 by 一鸭鸭哟
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[基金申请] 今年的国基金是打分制吗？ 50+3 zhanghaozhu 2026-03-14 3/150 2026-03-16 17:07 by 北京莱茵润色
[考研] 0703一志愿211 285分求调剂 +5 ly3471z 2026-03-13 5/250 2026-03-16 16:16 by 哦哦123
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 材料工程327求调剂 +3 xiaohe12w 2026-03-11 3/150 2026-03-14 20:20 by ms629
[考研] 265求调剂 +4 威化饼07 2026-03-12 4/200 2026-03-14 17:23 by userper
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:27 by JourneyLucky
[考研] （081700）化学工程与技术-298分求调剂 +12 11啦啦啦 2026-03-11 35/1750 2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 301求调剂 +6 Liyouyumairs 2026-03-11 6/300 2026-03-13 20:11 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +7 18880831720 2026-03-11 7/350 2026-03-13 16:10 by JourneyLucky
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-12 10/500 2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 270求调剂 085600材料与化工专硕 +3 YXCT 2026-03-11 3/150 2026-03-13 10:13 by houyaoxu
[考研] 283求调剂，材料、化工皆可 +8 苏打水7777 2026-03-11 10/500 2026-03-13 09:06 by Linda Hu
[考研] 321求调剂（食品/专硕） +3 xc321 2026-03-12 6/300 2026-03-13 08:45 by xc321
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭