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freewain

铜虫 (初入文坛)

应助: 3 (幼儿园)
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在线: 35.4小时
虫号: 987873

[交流] 【求助】Transiesta 计算出错

大家好，我在计算 ZnO 纳米线的输运性质。这是我的输入文件：

#General system descriptors
SystemLabel ZnO
SystemName Au-ZnO-Au

NumberOfSpecies 3
NumberOfAtoms 50

%block ChemicalSpeciesLabel
1 30 Zn
2 8 O
3 79 Au
%endblock ChemicalSpeciesLabel

#Basis set and KB projectors
PAO.BasisSize DZP
PAO.EnergyShift 0.02 Ry

#Structural information
LatticeConstant 1.00 Ang
MD.UseStructFile true
WriteCoorXmol true
WriteMDXmol true

#k-point sampling
%block kgrid_Monkhorst_Pack
1  0  0 0.0
0  1  0 0.0
0  0 30 0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

#Exchange-correlation functionals
XC.functional GGA
XC.authors PBE

#SCF loop
MaxSCFIterations 150
DM.MixingWeight 0.05
DM.NumberPulay 5

#Other
MeshCutoff 400 Ry
SaveHS true
SolutionMethod transiesta

#Band structure analysis
BandLinesScale ReciprocalLatticeVectors
%block BandLines
1 0.0  0.0  0.0  \Gamma
20 0.0  0.0  0.5  X
%endblock BandLines

#DOS
%block ProjectedDensityOfStates
-10.0 5.0 0.10 151 eV
%endblock ProjectedDensityOfStates

%block LocalDensityOfStates
-6.00 2.00 eV
%endblock LocalDensityOfStates

COOP.Write true

#charge densities and potentials on the grid
SaveRho true
SaveDeltaRho true
SaveElectrostaticPotential true
SaveTotalPotential true

WriteDenchar true

#Relaxation
MD.TypeOfRun CG
MD.NumCGSteps 0

UseSaveData true

WriteMDhistory true

%block GeometryConstraints
  position from  1 to  19
  position from -1 to -19
%endblock GeometryConstraints

TS.HSFileLeft /home/niu/new/elec/Au.TSHS
TS.NumUsedAtomsLeft 19
TS.HSFileRight /home/niu/new/elec/Au.TSHS
TS.NumUsedAtomsRight 19

TS.ComplexContour.Emin -50.0 eV
TS.ComplexContour.NPoles 03
TS.ComplexContour.NCircle 30
TS.ComplexContour.NLine 10
TS.BiasContour.NumPoints 20
WriteEigenValues true

TS.SaveHS true
TS.MixH true

TS.TBT.NPoints 400
TS.TBT.Emin -1.00 eV
TS.TBT.Emax    1.00 eV
TS.TBT.OutputRegionData False
TS.TBT.NEigen 5
TS.TBT.PDOSFrom 3
TS.TBT.PDOSTo 9
TS.Voltage -1.00 eV

但是计算中间出现错误，输入文件的后半部分是这样的：

Begin LEFT
unit cell:
37.7945  0.0000  0.0000
  0.0000 37.7945  0.0000
  0.0000  0.0000 13.0819
Size:       81225
Efermi: -3.6748994224532205E-002
GF: Spin number ->          1
Got LEFT Electrode GF
Done
Begin RIGHT
unit cell:
37.7945  0.0000  0.0000
  0.0000 37.7945  0.0000
  0.0000  0.0000 13.0819
Size:       81225
Efermi: 3.6748994224532205E-002
GF: Spin number ->          1
Got RIGHT  Electrode GF
Done
L-ELEC: lastoL:          0          15          30          45
         60          75          90       105       120       135
      150       165       180       195       210       225
      240       255       270       285
R-ELEC: lastoR:          0          15          30          45
         60          75          90       105       120       135
      150       165       180       195       210       225
      240       255       270       285
TRANSIESTA: Initializing lists
From SIESTA: Efermi=  -3.171
qc0 : 0.000
qcn0 : 419.530
nou,NGL,NGR:       738       285       285
TranSiesta: Qsol,Qtot:  526.113  526.000 1.000

* Maximum dynamic memory allocated = 423 MB

siesta: Program's energy decomposition (eV):
siesta: Ebs    =    -3712.819471
siesta: Eions =    56290.310725
siesta: Ena    =    2049.915289
siesta: Ekin =    35787.957698
siesta: Enl    = -18060.566835
siesta: DEna =    301.485341
siesta: DUscf =       36.453196
siesta: DUext =       0.000000
siesta: Exc    = -131533.815024
siesta: eta*DQ  =       0.000000
siesta: Emadel  =       0.000000
siesta: Emeta =       0.000000
siesta: Emolmec =       0.000000
siesta: Ekinion =       0.000000
siesta: Eharris = -167708.882424
siesta: Etot = -167708.881061
siesta: FreeEng = -167708.881061

transiesta: TSiscf Eharris(eV)    E_KS(eV) FreeEng(eV) dDmax  Ef(eV)
transiesta: 1  -167708.8824  -167708.8811  -167708.8811  0.0001 -3.1707
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF       1    0.000 0.00
elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF       1    0.000 0.00
timer: Routine,Calls,Time,% = TS          1 3611.599  89.88
elaps: Routine,Calls,Wall,% = TS          1    902.900  89.88
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF       1 3992.787  99.36
elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF       1    998.197  99.36

siesta: E_KS(eV) =       -167708.8811

siesta: E_KS - E_eggbox = -167708.8811
rank 0 in job 5  amd_34368 caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9

请问这是什么原因造成的呢？谢谢解答：）

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1楼 2010-11-18 15:11:28

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在线: 35.4小时
虫号: 987873

引用回帖:

Originally posted by zhangguangping at 2010-11-18 21:48:34:

找到出错原因了？原因是什么啊？可以分享一下。是我猜测的原因吗？以后想用上一个计算的密度，直接用*TSDE文件就行。如果没有*TSDE，还想加速的话，就是用*DM。程序会先检查*TSDE文件，如果没有才去找*DM文件的 ...

就是广平师兄你说的原因，把那些注释掉就好了。

另外一个问题，算完 transiesta 之后，再算 tbtrans，结果现在一个多小时了，输出文件一直停在 Starting K-Point loop for spin: 1 那里。我查了一下官方的邮件列表，一共有两个相同问题的邮件，你回答了其中一个，说这是正常情况，只要慢慢等就可以了。可是时间也太久了。。。

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4楼2010-11-18 23:30:31

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