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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】Transiesta 计算出错
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freewain

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】Transiesta 计算出错

大家好，我在计算 ZnO 纳米线的输运性质。这是我的输入文件：

#General system descriptors
SystemLabel                ZnO
SystemName                Au-ZnO-Au

NumberOfSpecies        3
NumberOfAtoms        50

%block ChemicalSpeciesLabel
1   30   Zn
2    8    O
3   79   Au
%endblock ChemicalSpeciesLabel

#Basis set and KB projectors
PAO.BasisSize                DZP
PAO.EnergyShift                0.02 Ry

#Structural information
LatticeConstant                1.00 Ang
MD.UseStructFile        true
WriteCoorXmol                true
WriteMDXmol                true

#k-point sampling
%block kgrid_Monkhorst_Pack
1  0  0   0.0
0  1  0   0.0
0  0 30   0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

#Exchange-correlation functionals
XC.functional                GGA
XC.authors                PBE

#SCF loop
MaxSCFIterations        150
DM.MixingWeight                0.05
DM.NumberPulay                5

#Other
MeshCutoff                400 Ry
SaveHS                        true
SolutionMethod                transiesta

#Band structure analysis
BandLinesScale                ReciprocalLatticeVectors
%block BandLines
1   0.0  0.0  0.0  \Gamma
20   0.0  0.0  0.5  X
%endblock BandLines

#DOS
%block ProjectedDensityOfStates
-10.0   5.0   0.10   151   eV
%endblock ProjectedDensityOfStates

%block LocalDensityOfStates
-6.00   2.00   eV
%endblock LocalDensityOfStates

COOP.Write                        true

#charge densities and potentials on the grid
SaveRho                                true
SaveDeltaRho                true
SaveElectrostaticPotential        true
SaveTotalPotential        true

WriteDenchar                true

#Relaxation
MD.TypeOfRun                CG
MD.NumCGSteps                0

UseSaveData                true

WriteMDhistory                true

%block GeometryConstraints
  position                from  1 to  19
  position                 from -1 to -19
%endblock GeometryConstraints

TS.HSFileLeft                 /home/niu/new/elec/Au.TSHS
TS.NumUsedAtomsLeft        19
TS.HSFileRight                /home/niu/new/elec/Au.TSHS
TS.NumUsedAtomsRight        19

TS.ComplexContour.Emin                -50.0 eV
TS.ComplexContour.NPoles        03
TS.ComplexContour.NCircle        30
TS.ComplexContour.NLine                10
TS.BiasContour.NumPoints        20
WriteEigenValues                true

TS.SaveHS                true
TS.MixH                        true

TS.TBT.NPoints                400
TS.TBT.Emin                -1.00 eV
TS.TBT.Emax                 1.00 eV
TS.TBT.OutputRegionData        False
TS.TBT.NEigen                5
TS.TBT.PDOSFrom                3
TS.TBT.PDOSTo                9
TS.Voltage                -1.00 eV

但是计算中间出现错误，输入文件的后半部分是这样的：

Begin LEFT  
unit cell:
37.7945  0.0000  0.0000
  0.0000 37.7945  0.0000
  0.0000  0.0000 13.0819
Size:         81225
Efermi:   -3.6748994224532205E-002
GF: Spin number ->             1
Got LEFT   Electrode GF
Done
Begin RIGHT
unit cell:
37.7945  0.0000  0.0000
  0.0000 37.7945  0.0000
  0.0000  0.0000 13.0819
Size:         81225
Efermi:    3.6748994224532205E-002
GF: Spin number ->             1
Got RIGHT  Electrode GF
Done
L-ELEC: lastoL:             0           15           30           45
           60           75           90          105          120          135
          150          165          180          195          210          225
          240          255          270          285
R-ELEC: lastoR:             0           15           30           45
           60           75           90          105          120          135
          150          165          180          195          210          225
          240          255          270          285
TRANSIESTA: Initializing lists
From SIESTA: Efermi=  -3.171
qc0 :   0.000
qcn0 : 419.530
nou,NGL,NGR:          738          285          285
TranSiesta: Qsol,Qtot:  526.113  526.000    1.000

* Maximum dynamic memory allocated =   423 MB

siesta: Program's energy decomposition (eV):
siesta: Ebs     =     -3712.819471
siesta: Eions   =     56290.310725
siesta: Ena     =      2049.915289
siesta: Ekin    =     35787.957698
siesta: Enl     =    -18060.566835
siesta: DEna    =       301.485341
siesta: DUscf   =        36.453196
siesta: DUext   =         0.000000
siesta: Exc     =   -131533.815024
siesta: eta*DQ  =         0.000000
siesta: Emadel  =         0.000000
siesta: Emeta   =         0.000000
siesta: Emolmec =         0.000000
siesta: Ekinion =         0.000000
siesta: Eharris =   -167708.882424
siesta: Etot    =   -167708.881061
siesta: FreeEng =   -167708.881061

transiesta: TSiscf   Eharris(eV)      E_KS(eV)   FreeEng(eV)   dDmax  Ef(eV)
transiesta:   1  -167708.8824  -167708.8811  -167708.8811  0.0001 -3.1707
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       0.000   0.00
elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF        1       0.000   0.00
timer: Routine,Calls,Time,% = TS             1    3611.599  89.88
elaps: Routine,Calls,Wall,% = TS             1     902.900  89.88
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1    3992.787  99.36
elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF        1     998.197  99.36

siesta: E_KS(eV) =          -167708.8811

siesta: E_KS - E_eggbox =   -167708.8811
rank 0 in job 5  amd_34368   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9

请问这是什么原因造成的呢？谢谢解答：）
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1楼 2010-11-18 15:11:28
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
freewain(金币+1):谢谢参与
freewain(金币+9):谢谢广平师兄！问题解决了。我是测好电极距离后直接拿过来用了，也没删掉态密度的内容。上面的运算是出错之后又计算的，TSDE是第一遍就算出来的。不过之后的计算，每次会使用上一次的TSDE和DM文件。 2010-11-18 17:58:08
sunyang1988(金币+3):谢谢指点 2010-11-18 22:02:15
引用回帖:
Originally posted by freewain at 2010-11-18 08:11:28:
大家好，我在计算 ZnO 纳米线的输运性质。这是我的输入文件：

#General system descriptors
SystemLabel                ZnO
SystemName                Au-ZnO-Au

NumberOfSpecies        3
NumberOfAtoms        50

%block ChemicalSpeciesLab ...

你把你的输入文件里面加上一行
TS.CalcGF  F
并且把下面的东西注释掉
#Band structure analysis
BandLinesScale                ReciprocalLatticeVectors
%block BandLines
1   0.0  0.0  0.0  \Gamma
20   0.0  0.0  0.5  X
%endblock BandLines

#DOS
%block ProjectedDensityOfStates
-10.0   5.0   0.10   151   eV
%endblock ProjectedDensityOfStates

%block LocalDensityOfStates
-6.00   2.00   eV
%endblock LocalDensityOfStates
（这三项，尤其是LDOS，能带，好像不能在算输运的时候算。因为他不是一个周期体系了，怎么算能带。LDOS只有方法是Diagon的时候能算的。）
还在你的原来那个目录计算。看一下这次行不行。主要是再算一次。看到你好像用的是已经收敛好的*TSDE算的。如果是这样，这个TSDE是怎么得到的呢？计算到这儿，已经到了结尾部分了。

[ Last edited by zhangguangping on 2010-11-18 at 09:11 ]
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2楼2010-11-18 16:01:29
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+2):谢谢指点 2010-11-18 22:02:34
引用回帖:
Originally posted by freewain at 2010-11-18 08:11:28:
大家好，我在计算 ZnO 纳米线的输运性质。这是我的输入文件：

#General system descriptors
SystemLabel                ZnO
SystemName                Au-ZnO-Au

NumberOfSpecies        3
NumberOfAtoms        50

%block ChemicalSpeciesLab ...

找到出错原因了？原因是什么啊？可以分享一下。是我猜测的原因吗？以后想用上一个计算的密度，直接用*TSDE文件就行。如果没有*TSDE，还想加速的话，就是用*DM。程序会先检查*TSDE文件，如果没有才去找*DM文件的。如果两个都没有，那么就从头计算，先产生*DM,再去产生*TSDE。
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3楼2010-11-18 21:48:34
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freewain

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-11-18 21:48:34:

找到出错原因了？原因是什么啊？可以分享一下。是我猜测的原因吗？以后想用上一个计算的密度，直接用*TSDE文件就行。如果没有*TSDE，还想加速的话，就是用*DM。程序会先检查*TSDE文件，如果没有才去找*DM文件的 ...

就是广平师兄你说的原因，把那些注释掉就好了。

另外一个问题，算完 transiesta 之后，再算 tbtrans，结果现在一个多小时了，输出文件一直停在 Starting K-Point loop for spin: 1 那里。我查了一下官方的邮件列表，一共有两个相同问题的邮件，你回答了其中一个，说这是正常情况，只要慢慢等就可以了。可是时间也太久了。。。
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4楼2010-11-18 23:30:31
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+2):谢谢指教 2010-11-19 11:47:00
引用回帖:
Originally posted by freewain at 2010-11-18 16:30:31:


就是广平师兄你说的原因，把那些注释掉就好了。

另外一个问题，算完 transiesta 之后，再算 tbtrans，结果现在一个多小时了，输出文件一直停在 Starting K-Point loop for spin: 1 那里。我查了一下官方的 ...

就是这个样子。如果你的体系是自旋极化的，还要有  
Starting K-Point loop for spin:   2，自旋非极化的在这个地方节省一半的时间。
等等就好了。看你体系的大小和k点的多少，等待的时间不一。
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5楼2010-11-19 08:39:32
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xiongxiong5712

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★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
30913楼: Originally posted by freewain at 2010-11-18 15:11:28
大家好，我在计算 ZnO 纳米线的输运性质。这是我的输入文件：

#General system descriptors
SystemLabel                ZnO
SystemName                Au-ZnO-Au

NumberOfSpecies        3
NumberOfAtoms        50

%block ChemicalSpeciesLabel ...

麻烦请问一下，你的文件里这两个参数是什么意思？能否解释一下？我在手册里面没有看到过
TS.TBT.PDOSFrom                3
TS.TBT.PDOSTo                9
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6楼2012-11-17 17:17:39
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xiongxiong5712

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
32744楼: Originally posted by zhangguangping at 2010-11-18 16:01:29
你把你的输入文件里面加上一行
TS.CalcGF  F
并且把下面的东西注释掉
#Band structure analysis
BandLinesScale                ReciprocalLatticeVectors
%block BandLines
1   0.0  0.0  0.0  \Gamma
20 ...

你好，我注意到他的输入文件里k点的设置是这样的：
#k-point sampling
%block kgrid_Monkhorst_Pack
1  0  0   0.0
0  1  0   0.0
0  0 30   0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

用transiesta计算，是非周期结构，这样设置k点正确吗？不是z方向为非周期吗，k点应该为1*1*1吧？
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7楼2012-11-19 09:23:44
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zhangguangping

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★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1981532楼: Originally posted by xiongxiong5712 at 2012-11-19 09:23:44
你好，我注意到他的输入文件里k点的设置是这样的：
#k-point sampling
%block kgrid_Monkhorst_Pack
1  0  0   0.0
0  1  0   0.0
0  0 30   0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

用transiesta计算，是非 ...

z方向在做输运的时候，自动忽略掉k点的设置，程序会按照1来做的。
但是这个kz值在做开始的SIESTA的时候可能会用到。
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8楼2012-11-19 09:42:03
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xiongxiong5712

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★
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引用回帖:
1981535楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-11-19 09:42:03
z方向在做输运的时候，自动忽略掉k点的设置，程序会按照1来做的。
但是这个kz值在做开始的SIESTA的时候可能会用到。...

原来这样，谢谢guangping兄了，我还得多学习学习。
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9楼2012-11-19 10:05:33
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