应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】Transiesta 计算出错
41/1返回列表
查看: 2013  |  回复: 8
查看全部回帖@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

freewain

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】Transiesta 计算出错

大家好，我在计算 ZnO 纳米线的输运性质。这是我的输入文件：

#General system descriptors
SystemLabel                ZnO
SystemName                Au-ZnO-Au

NumberOfSpecies        3
NumberOfAtoms        50

%block ChemicalSpeciesLabel
1   30   Zn
2    8    O
3   79   Au
%endblock ChemicalSpeciesLabel

#Basis set and KB projectors
PAO.BasisSize                DZP
PAO.EnergyShift                0.02 Ry

#Structural information
LatticeConstant                1.00 Ang
MD.UseStructFile        true
WriteCoorXmol                true
WriteMDXmol                true

#k-point sampling
%block kgrid_Monkhorst_Pack
1  0  0   0.0
0  1  0   0.0
0  0 30   0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

#Exchange-correlation functionals
XC.functional                GGA
XC.authors                PBE

#SCF loop
MaxSCFIterations        150
DM.MixingWeight                0.05
DM.NumberPulay                5

#Other
MeshCutoff                400 Ry
SaveHS                        true
SolutionMethod                transiesta

#Band structure analysis
BandLinesScale                ReciprocalLatticeVectors
%block BandLines
1   0.0  0.0  0.0  \Gamma
20   0.0  0.0  0.5  X
%endblock BandLines

#DOS
%block ProjectedDensityOfStates
-10.0   5.0   0.10   151   eV
%endblock ProjectedDensityOfStates

%block LocalDensityOfStates
-6.00   2.00   eV
%endblock LocalDensityOfStates

COOP.Write                        true

#charge densities and potentials on the grid
SaveRho                                true
SaveDeltaRho                true
SaveElectrostaticPotential        true
SaveTotalPotential        true

WriteDenchar                true

#Relaxation
MD.TypeOfRun                CG
MD.NumCGSteps                0

UseSaveData                true

WriteMDhistory                true

%block GeometryConstraints
  position                from  1 to  19
  position                 from -1 to -19
%endblock GeometryConstraints

TS.HSFileLeft                 /home/niu/new/elec/Au.TSHS
TS.NumUsedAtomsLeft        19
TS.HSFileRight                /home/niu/new/elec/Au.TSHS
TS.NumUsedAtomsRight        19

TS.ComplexContour.Emin                -50.0 eV
TS.ComplexContour.NPoles        03
TS.ComplexContour.NCircle        30
TS.ComplexContour.NLine                10
TS.BiasContour.NumPoints        20
WriteEigenValues                true

TS.SaveHS                true
TS.MixH                        true

TS.TBT.NPoints                400
TS.TBT.Emin                -1.00 eV
TS.TBT.Emax                 1.00 eV
TS.TBT.OutputRegionData        False
TS.TBT.NEigen                5
TS.TBT.PDOSFrom                3
TS.TBT.PDOSTo                9
TS.Voltage                -1.00 eV

但是计算中间出现错误，输入文件的后半部分是这样的：

Begin LEFT  
unit cell:
37.7945  0.0000  0.0000
  0.0000 37.7945  0.0000
  0.0000  0.0000 13.0819
Size:         81225
Efermi:   -3.6748994224532205E-002
GF: Spin number ->             1
Got LEFT   Electrode GF
Done
Begin RIGHT
unit cell:
37.7945  0.0000  0.0000
  0.0000 37.7945  0.0000
  0.0000  0.0000 13.0819
Size:         81225
Efermi:    3.6748994224532205E-002
GF: Spin number ->             1
Got RIGHT  Electrode GF
Done
L-ELEC: lastoL:             0           15           30           45
           60           75           90          105          120          135
          150          165          180          195          210          225
          240          255          270          285
R-ELEC: lastoR:             0           15           30           45
           60           75           90          105          120          135
          150          165          180          195          210          225
          240          255          270          285
TRANSIESTA: Initializing lists
From SIESTA: Efermi=  -3.171
qc0 :   0.000
qcn0 : 419.530
nou,NGL,NGR:          738          285          285
TranSiesta: Qsol,Qtot:  526.113  526.000    1.000

* Maximum dynamic memory allocated =   423 MB

siesta: Program's energy decomposition (eV):
siesta: Ebs     =     -3712.819471
siesta: Eions   =     56290.310725
siesta: Ena     =      2049.915289
siesta: Ekin    =     35787.957698
siesta: Enl     =    -18060.566835
siesta: DEna    =       301.485341
siesta: DUscf   =        36.453196
siesta: DUext   =         0.000000
siesta: Exc     =   -131533.815024
siesta: eta*DQ  =         0.000000
siesta: Emadel  =         0.000000
siesta: Emeta   =         0.000000
siesta: Emolmec =         0.000000
siesta: Ekinion =         0.000000
siesta: Eharris =   -167708.882424
siesta: Etot    =   -167708.881061
siesta: FreeEng =   -167708.881061

transiesta: TSiscf   Eharris(eV)      E_KS(eV)   FreeEng(eV)   dDmax  Ef(eV)
transiesta:   1  -167708.8824  -167708.8811  -167708.8811  0.0001 -3.1707
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       0.000   0.00
elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF        1       0.000   0.00
timer: Routine,Calls,Time,% = TS             1    3611.599  89.88
elaps: Routine,Calls,Wall,% = TS             1     902.900  89.88
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1    3992.787  99.36
elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF        1     998.197  99.36

siesta: E_KS(eV) =          -167708.8811

siesta: E_KS - E_eggbox =   -167708.8811
rank 0 in job 5  amd_34368   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9

请问这是什么原因造成的呢？谢谢解答：）
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2010-11-18 15:11:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiongxiong5712

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
30913楼: Originally posted by freewain at 2010-11-18 15:11:28
大家好，我在计算 ZnO 纳米线的输运性质。这是我的输入文件：

#General system descriptors
SystemLabel                ZnO
SystemName                Au-ZnO-Au

NumberOfSpecies        3
NumberOfAtoms        50

%block ChemicalSpeciesLabel ...

麻烦请问一下，你的文件里这两个参数是什么意思？能否解释一下？我在手册里面没有看到过
TS.TBT.PDOSFrom                3
TS.TBT.PDOSTo                9
赞一下 回复此楼
6楼2012-11-17 17:17:39
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiongxiong5712

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
32744楼: Originally posted by zhangguangping at 2010-11-18 16:01:29
你把你的输入文件里面加上一行
TS.CalcGF  F
并且把下面的东西注释掉
#Band structure analysis
BandLinesScale                ReciprocalLatticeVectors
%block BandLines
1   0.0  0.0  0.0  \Gamma
20 ...

你好，我注意到他的输入文件里k点的设置是这样的：
#k-point sampling
%block kgrid_Monkhorst_Pack
1  0  0   0.0
0  1  0   0.0
0  0 30   0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

用transiesta计算，是非周期结构，这样设置k点正确吗？不是z方向为非周期吗，k点应该为1*1*1吧？
赞一下 回复此楼
7楼2012-11-19 09:23:44
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiongxiong5712

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1981535楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-11-19 09:42:03
z方向在做输运的时候，自动忽略掉k点的设置，程序会按照1来做的。
但是这个kz值在做开始的SIESTA的时候可能会用到。...

原来这样，谢谢guangping兄了，我还得多学习学习。
赞一下 回复此楼
9楼2012-11-19 10:05:33
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 freewain 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭