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nww346

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用Gaussian进行结构优化

我是一个初学者，在用Gaussian在进行结构优化的时候，结构优化完了之后，怎么判断其结构是否达到稳定的状态，谢谢高人指点！！！
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1楼2010-11-17 15:28:22
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sunhaitao

木虫 (小有名气)
nww346(金币+1): 2010-11-17 15:58:59
一般优化到最后，正常结束，能量在此方法和基组下最低了，不久是稳定了嘛
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2楼2010-11-17 15:33:06
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ykwang

金虫 (正式写手)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-11-27 16:17:26
加关键字Freq再做一次频率计算，如果没有虚频就是稳定结构了。
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3楼2010-11-17 15:33:30
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xinzhi

至尊木虫 (著名写手)
★
nww346(金币+1): 2010-11-17 15:58:53
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-11-27 16:17:18
一般是先优化 再做频率计算  查看频率中是否有虚频，没有虚频则为稳定结构
引用回帖:
Originally posted by nww346 at 2010-11-17 15:28:22:
我是一个初学者，在用Gaussian在进行结构优化的时候，结构优化完了之后，怎么判断其结构是否达到稳定的状态，谢谢高人指点！！！
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4楼2010-11-17 15:34:51
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nww346

铜虫 (正式写手)
我的输入文件夹gif里面设置写的是
# b3lyp/6-31g(d,p) opt=maxcycle=200 freq
但是出现这样的结果：
http://d.namipan.com/d/8c8807b58 ... 08cf9358d4c77890100
http://d.namipan.com/d/bb8422465 ... 147920904e58fc30100
麻烦你们看一下，
我的结构是否达到稳定，
我应该怎么做？？谢谢指导！！！
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5楼2010-11-17 15:58:46
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jyzhao1981

木虫 (正式写手)
nww346(金币+1): 2010-11-17 16:30:35
把你的log文件放上来，这种图天没用的
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6楼2010-11-17 16:11:55
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nww346

铜虫 (正式写手)
我的log文件夹里面出现这样的错误：
gs1:
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /scratch/g03/l202.exe at Wed Nov 17 12:56:12 2010.
Job cpu time:  1 days  7 hours  1 minutes 26.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    254 Int=      0 D2E=      0 Chk=     35 Scr=      1
gs2：
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /scratch/g03/l502.exe at Wed Nov 17 12:08:47 2010.
Job cpu time:  0 days 16 hours  7 minutes 26.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    254 Int=      0 D2E=      0 Chk=     35 Scr=      1
谢谢指导！！！！！！！
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7楼2010-11-17 17:27:48
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nkxiaowu

金虫 (小有名气)
★
nww346(金币+1): 2010-11-18 08:35:38
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-11-27 16:16:57
引用回帖:
Originally posted by nww346 at 2010-11-17 17:27:48:
我的log文件夹里面出现这样的错误：
gs1:
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /scratch/g03/l202.exe at Wed Nov 17 12:56:12 2010.
Job cpu time:  1 days  7 hours  1 mi ...

第一个不知道

第二个很明显是没有收敛
加大循环步数或者将此次得到的结构作为初始结构继续进行优化
正常优化结束应该在最后出现下面的话
Normal termination of Gaussian * at **.
[*代表版本，98，03或者09，**代表计算结束的时间]

[ Last edited by nkxiaowu on 2010-11-17 at 20:36 ]
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8楼2010-11-17 20:32:53
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hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-11-27 16:16:47
众位大神已然解答，优化正常停止的标准，就是认为得到最低最稳定形式，或者说一个收敛标准，如果没有虚频，一般没有问题了。
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9楼2010-11-18 00:29:28
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nww346

铜虫 (正式写手)
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /scratch/g03/l202.exe at Wed Nov 17 12:56:12 2010.
我在gaussian的中文说明书查到了
L202：重新定位坐标，计算对称性，检查变量
请问我该怎么操作？
谢谢！！！
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10楼2010-11-18 08:33:00
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jyzhao1981

木虫 (正式写手)
你把输入文件贴上来
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11楼2010-11-18 14:33:37
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nww346

铜虫 (正式写手)
我的输入文件是：
# b3lyp/6-31g(d,p) opt=maxcycle=200 freq  

Title Card Required

0 1
C
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
C                  4              B4    3              A3    2              D2
C                  5              B5    4              A4    3              D3
H                  3              B6    2              A5    1              D4
H                  1              B7    2              A6    3              D5
H                  2              B8    1              A7    6              D6
谢谢你了
麻烦了！！！！！
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12楼2010-11-18 17:18:52
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manson1998

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你这是啥啊 键长数据呢？
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13楼2010-11-18 17:28:44
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nww346

铜虫 (正式写手)
我的输入文件夹是：
# b3lyp/6-31g(d,p) opt=maxcycle=200 freq

Title Card Required

0 1
C                  0.00000000    0.00000000    0.00000000
C                  1.38080303    0.00000000    0.00000000
C                  2.07519911    1.23766216    0.00000000
C                  1.31583424    2.43814759   -0.00346190
C                 -0.11569607    2.43075730    0.00744825
C                 -0.75516834    1.19636843    0.00395515
H                  4.11732344    0.50450458    0.01107594
H                 -0.53206737   -0.94733599   -0.00265243
H                  1.94062066   -0.92989174    0.00116330
C                  3.48571342    1.38879592    0.00720986
H                 -1.84079850    1.15902165   -0.00563017
C                  3.20684589    3.78538039    0.00083104
C                  4.04395177    2.65136721    0.01191201
H                  3.59767116    4.79682762    0.00261336
H                  5.11974083    2.78775150    0.02224358
C                 -1.97618986    7.00995829   -0.72324080
C                 -0.97525305    7.08637693    1.41854106
C                 -1.70804603    8.24679260    1.78871626
C                 -2.60918898    8.78283217    0.81781311
C                 -2.72227936    8.13534672   -0.42621717
H                 -2.04145001    6.52501180   -1.69086489
谢谢指导！！！！！
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14楼2010-11-18 21:41:13
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manson1998

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by nww346 at 2010-11-18 21:41:13:
我的输入文件夹是：
# b3lyp/6-31g(d,p) opt=maxcycle=200 freq

Title Card Required

0 1
C                  0.00000000    0.00000000    0.00000000
C                  1.38080303    0.00000000  ...

哥们细心点，你用gv看看，这都是啥啊。。。。
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15楼2010-11-19 09:04:37
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dubo

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by nww346 at 2010-11-18 08:33:00:
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /scratch/g03/l202.exe at Wed Nov 17 12:56:12 2010.
我在gaussian的中文说明书查到了
L202：重新定位坐标，计算对称性，检查变量
请问 ...

这是你的初始构象的问题，有些原子距离太近，Gaussian分辨不出
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16楼2010-11-27 15:41:02
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独孤狼

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xinzhi at 2010-11-17 15:34:51:
一般是先优化 再做频率计算  查看频率中是否有虚频，没有虚频则为稳定结构



做频率太费时间了吧，直接看log文件里面有没有收敛不更好么。
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17楼2010-11-28 14:24:04
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xinzhi

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
确定是否稳定构型一定要做频率分析的，有的时候log完全收敛的，但是所得构型并不是一个稳定构型，所以虽然费时间 还是必须做的。
引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2010-11-28 14:24:04:


做频率太费时间了吧，直接看log文件里面有没有收敛不更好么。

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18楼2010-11-29 08:23:39
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gengle

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你的图现在已经看不到了 建议将输出文件贴出来 另外 我看你已经做了FREQ 只要看一下有没有虚频就可以了 没有虚频的话说明结构没问题
另外 再问一句计算是正常结束的吗？
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19楼2010-11-30 14:04:40
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yaobo2046

金虫 (正式写手)
懂了
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20楼2015-01-29 22:23:01
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