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银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】mega软件的应用求助? 已有4人参与

我是一位mega软件的初学者,由于文章需要做系统进化树,但是mega软件的应用,我很困难。希望各位大侠帮帮忙,给提供点资料或应用帮助。谢谢啦!!!!
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rongshuxia

木虫 (著名写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
如何多片段联合分析啊  急~~~~
5楼2011-01-12 11:43:44
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fanbo8013

禁虫 (小有名气)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
本帖内容被屏蔽

2楼2010-11-17 10:49:24
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keqindeng

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+2):good 2010-12-11 08:37:28
1. 将clustal x比对好的序列转成MEGA格式

2.打开MEGA格式的文件,点PHYLOGENY,要建BOOTSTRAP检验的树,有四种建树方法,NJ, ME, MP, UPGMA。后面以NJ为例。

3。点击NJ后。点击绿色方格可以改变BOOTSTRAP中重复的次数(>100),GAP是pairwise 还是complete deletion (一般选PAIRWISE), 适合你数据的替换模型(有MODELTEST可以检验)。(一定要根据自己的数据来设这些值)


4。点击COMPUTE。结果如下,红圈中的数字就是bootstrap 值,一般大于70%的枝认为比较有意义.


5。如果有外类群,你可以直接点击你的外类群,能得到有根树
3楼2010-12-11 02:30:05
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biochang

银虫 (小有名气)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
MEGA挺好使的呀。你在网上随便搜下,都会有很详细的说明的。
4楼2011-01-08 15:08:55
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