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银虫 (小有名气)

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[交流] 【求助/交流】mega软件的应用求助？已有4人参与

我是一位mega软件的初学者，由于文章需要做系统进化树，但是mega软件的应用，我很困难。希望各位大侠帮帮忙，给提供点资料或应用帮助。谢谢啦！！！！

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1楼 2010-11-11 19:35:45

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fanbo8013

禁虫 (小有名气)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

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2楼2010-11-17 10:49:24

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keqindeng

木虫 (正式写手)

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+2):good 2010-12-11 08:37:28

1. 将clustal x比对好的序列转成MEGA格式

2.打开MEGA格式的文件，点PHYLOGENY，要建BOOTSTRAP检验的树，有四种建树方法，NJ， ME， MP， UPGMA。后面以NJ为例。

3。点击NJ后。点击绿色方格可以改变BOOTSTRAP中重复的次数（＞１００），GAP是pairwise 还是complete deletion　（一般选ＰＡＩＲＷＩＳＥ）, 适合你数据的替换模型（有ＭＯＤＥＬＴＥＳＴ可以检验）。（一定要根据自己的数据来设这些值）

4。点击COMPUTE。结果如下，红圈中的数字就是bootstrap 值，一般大于７０％的枝认为比较有意义．

5。如果有外类群，你可以直接点击你的外类群，能得到有根树