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倚天舰

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[交流] 【求助】如何计算复合物的能量已有2人参与

小弟最近看了一篇文献，是用discover模块计算结合能的，但是很不明白如何计算两个分子形成的自组装体系的复合物的能量。希望大家教教我

图中说的中E1是SA和功能单体形成复合物的能量这个该怎么计算啊。是不是把SA和功能单体用Amorphous Cell里的construction放到一个盒子里，再用dynamic按照第一个图里所说的来模拟？谢谢大家了。

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1楼2010-11-08 21:28:43

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Dynamics Summary
________________

      Initial       Final    Average Std. Dev.
      -------       -----    ------- ---------

Tot. energy (kcal/mol)    47.911    42.385    47.731       3.639
Pot. energy (kcal/mol)       9.733       5.527       9.468       3.816
Kin. energy (kcal/mol)    38.178    36.857    38.263       3.700
Temperature (K)          298.000    287.691    298.663    28.878
Pressure (GPa)          1.753138    0.107987 -0.014596    0.623124
Volume (A^3)             754.789    754.789    754.789       0.000
Density (gm/cm^3)          0.9003    0.9003    0.9003    0.0000

Time used by 5000 steps is 0 hours 0 mins 16.33 secs (0.003 secs per step)

dynamic完了是这样的一个结果，是看那个Average Tot. energy吗？