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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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倚天舰

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何计算复合物的能量 已有2人参与

小弟最近看了一篇文献，是用discover模块计算结合能的，但是很不明白如何计算两个分子形成的自组装体系的复合物的能量。希望大家教教我



图中说的中E1是SA和功能单体形成复合物的能量这个该怎么计算啊。是不是把SA和功能单体用Amorphous Cell里的construction放到一个盒子里，再用dynamic按照第一个图里所说的来模拟？谢谢大家了。
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1楼 2010-11-08 21:28:43
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
恩 我觉得就是这么一回事哈
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2楼2010-11-08 21:36:27
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倚天舰

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cg陈 at 2010-11-08 21:36:27:
恩 我觉得就是这么一回事哈

真的是这样子的吗？
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3楼2010-11-08 21:47:02
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倚天舰

木虫 (小有名气)
Dynamics Summary
________________

                            Initial        Final      Average    Std. Dev.
                            -------        -----      -------    ---------  

Tot. energy (kcal/mol)       47.911       42.385       47.731        3.639
Pot. energy (kcal/mol)        9.733        5.527        9.468        3.816
Kin. energy (kcal/mol)       38.178       36.857       38.263        3.700
Temperature (K)             298.000      287.691      298.663       28.878
Pressure (GPa)             1.753138     0.107987    -0.014596     0.623124
Volume (A^3)                754.789      754.789      754.789        0.000
Density (gm/cm^3)            0.9003       0.9003       0.9003       0.0000

Time used by 5000 steps is 0 hours 0 mins 16.33 secs (0.003 secs per step)

dynamic完了是这样的一个结果，是看那个Average Tot. energy吗？
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4楼2010-11-09 09:59:42
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
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sunyang1988(金币+2):感谢交流 2010-11-09 12:12:05
我不是用这个能量  是用dynamic stepup 里的energy 点calculate  

        你算之前  要把所有原子解冻 即在free下 计算能量
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5楼2010-11-09 11:07:17
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倚天舰

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cg陈 at 2010-11-09 11:07:17:
我不是用这个能量  是用dynamic stepup 里的energy 点calculate  

        你算之前  要把所有原子解冻 即在free下 计算能量

哦，我再试下吧，谢谢啦
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6楼2010-11-09 11:09:35
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