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倚天舰木虫 (小有名气)
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【求助】如何计算复合物的能量已有2人参与
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小弟最近看了一篇文献，是用discover模块计算结合能的，但是很不明白如何计算两个分子形成的自组装体系的复合物的能量。希望大家教教我  图中说的中E1是SA和功能单体形成复合物的能量这个该怎么计算啊。是不是把SA和功能单体用Amorphous Cell里的construction放到一个盒子里，再用dynamic按照第一个图里所说的来模拟？谢谢大家了。 |
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3楼2010-11-08 21:47:02
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Dynamics Summary ________________ Initial Final Average Std. Dev. ------- ----- ------- --------- Tot. energy (kcal/mol) 47.911 42.385 47.731 3.639 Pot. energy (kcal/mol) 9.733 5.527 9.468 3.816 Kin. energy (kcal/mol) 38.178 36.857 38.263 3.700 Temperature (K) 298.000 287.691 298.663 28.878 Pressure (GPa) 1.753138 0.107987 -0.014596 0.623124 Volume (A^3) 754.789 754.789 754.789 0.000 Density (gm/cm^3) 0.9003 0.9003 0.9003 0.0000 Time used by 5000 steps is 0 hours 0 mins 16.33 secs (0.003 secs per step) dynamic完了是这样的一个结果，是看那个Average Tot. energy吗？ |
4楼2010-11-09 09:59:42
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6楼2010-11-09 11:09:35