[交流] 【求助】如何根据cell文件写poscar已有3人参与

Originally posted by cenwanglai at 2010-11-03 16:17:16:



呵呵，刚学习linux的时候编写的一个脚本，很久没有检查了。幸苦！你测试后帮修改再发一个吧。

#!/bin/sh
#Script for Linux. Font Code: UTF-8
#把该文件保存到/usr/bin/目录下，必要时运行dos2unix和chmod
#删除原有poscarfromcell,删除前询问
#*.cell为MS running后立即停止中生成的隐藏文件，显示隐藏文件夹后就可以看到。把该文件放到linux下工作目录内。
#运行本脚本前，需要删除.cell文件%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC后面的所有内容,如有必要，运行dos2unix *.cell
#运行时确保当前目录下仅有一个*.cell文件。
#在命令提示符下输入cell2poscar回车，生成文件为poscarfromcell.
#有好的修改建议或脚本请发邮件给：[email]cenwanglai@163.com[/email]

rm -i poscarfromcell

echo "SYSTEM COMMENTS">>poscarfromcell
echo 1 >>poscarfromcell

#查找并输出格矢坐标
cat *.cell | grep -e '^[ ]\+[0-9]\+'>>poscarfromcell

#数氧原子个数
L=$(grep -cw "O" *.cell)

#数铈原子个数
M=$(grep -cw "Ce" *.cell)

#数X原子个数，如果需要，删掉下一行开始的#，并替换“X”
#N=$(grep -cw "X" *.cell)

#输入各类原子个数,如果需要，下行中增加$N
echo $L $M >> poscarfromcell

echo "Selective Dynamic" >>poscarfromcell
echo "Direct" >>poscarfromcell

#找氧原子O坐标。根据实际情况替换"O"
cat *.cell |awk '$1=="O" {printf "%20.16f %20.16f %20.16f %s",$2,$3,$4,"T T T\n"}'>>poscarfromcell
#找Ce原子坐标。根据实际情况替换"Ce"
cat *.cell |awk '$1=="Ce" {printf "%20.16f %20.16f %20.16f %s",$2,$3,$4,"T T T\n"}'>>poscarfromcell

#找X原子坐标，如果需要，删掉下一行开头的#,根据实际情况替换"X"
#cat *.cell | awk '$1=="X" {print $2,$3,$4,"T T T"}'>>poscarfromcell

Originally posted by bingmou at 2010-11-03 11:17:57:
示例：
Al2O3
1.0
      2.747609931073429       0.000000000000000       4.330333333333333
      -1.373804965536714       2.379500000000001       4.330333333333333
      -1.373804965536714       ...