应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】如何根据cell文件写poscar
51/1返回列表
查看: 2294  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xiaowu787

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何根据cell文件写poscar 已有3人参与

刚开始学ASP,看论坛上高手说过可以通过MS写OSCAR。从MS 导出cell文件,还是不知道该如何写出基矢？请高手指点一下。原子的个数就是BLOCK POSITIONS_FRAC中的原子个数吗？谢谢！！

Al2O3
PBC    4.7590    4.7590   12.9910   90.0000   90.0000  120.0000 (P1)

cell文件如下：

%BLOCK LATTICE_CART
       2.747609931073429       0.000000000000000       4.330333333333333
      -1.373804965536714       2.379500000000001       4.330333333333333
      -1.373804965536714      -2.379500000000000       4.330333333333333
%ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC
  O   0.5559999999999998  -0.0559999999999999   0.2500000000000000
  O   0.2500000000000000   0.5559999999999998  -0.0559999999999999
  O  -0.0559999999999999   0.2500000000000000   0.5559999999999998
  O  -0.5559999999999998   0.0559999999999999  -0.2500000000000000
  O  -0.2500000000000000  -0.5559999999999998   0.0559999999999999
  O   0.0559999999999999  -0.2500000000000000  -0.5559999999999998
Al   0.3519999999999999   0.3519999999999999   0.3519999999999999
Al   0.1480000000000001   0.1480000000000001   0.1480000000000001
Al  -0.3519999999999999  -0.3519999999999999  -0.3519999999999999
Al   0.8520000000000000   0.8520000000000000   0.8520000000000000
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-11-02 22:53:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bingmou

金虫 (著名写手)
★ ★
xiaowu787(金币+5):谢谢答复！ 2010-11-03 11:35:12
cenwanglai(金币+2):谢谢回复！ 2010-11-03 13:22:21
示例：
Al2O3
1.0
      2.747609931073429       0.000000000000000       4.330333333333333
      -1.373804965536714       2.379500000000001       4.330333333333333
      -1.373804965536714      -2.379500000000000       4.330333333333333
6 4 !前面为O的个数，后面为Al的个数，这个顺序要和POTCAR对应
Direct !MS的都是Direct
   0.5559999999999998  -0.0559999999999999   0.2500000000000000
   0.2500000000000000   0.5559999999999998  -0.0559999999999999
  -0.0559999999999999   0.2500000000000000   0.5559999999999998
  -0.5559999999999998   0.0559999999999999  -0.2500000000000000
  -0.2500000000000000  -0.5559999999999998   0.0559999999999999
   0.0559999999999999  -0.2500000000000000  -0.5559999999999998
   0.3519999999999999   0.3519999999999999   0.3519999999999999
   0.1480000000000001   0.1480000000000001   0.1480000000000001
  -0.3519999999999999  -0.3519999999999999  -0.3519999999999999
   0.8520000000000000   0.8520000000000000   0.8520000000000000
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-11-03 11:17:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

xiaowu787

木虫 (正式写手)
这是从其他地方查到的信息,请高手指点一下，是不是问题太简单了？可是我没做过这方面的。

•Prototype: αAl2O3
•Pearson Symbol: hR10
•Strukturbericht Designation: D51
•Space Group: R3c (Cartesian and lattice coordinate listings available)
•Number: 167
•Reference: Villars and Calvert, Pearson's Handbook, Vol. I, pp. 970-1
•Primitive Vectors:
A1  =  b X + a Y + a Z
A2  =  a X + b Y + a Z
A3  =  a X + a Y + b Z
赞一下 回复此楼
2楼2010-11-03 11:07:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaowu787

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bingmou at 2010-11-03 11:17:57:
示例：
Al2O3
1.0
      2.747609931073429       0.000000000000000       4.330333333333333
      -1.373804965536714       2.379500000000001       4.330333333333333
      -1.373804965536714       ...

由于基失包含了晶格常数，只需把晶格缩放系数设为1是吧。再问一下，晶格缩放系数设为1和通过转换变成较大的数有区别吗？谢谢！
赞一下 回复此楼
4楼2010-11-03 11:34:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★ ★ ★
bingmou(金币+3):感谢分享 2010-11-03 14:06:48
xiaowu787(金币+5):谢谢分享！！ 2010-11-03 15:45:25
#Script for Linux. Font Code: UTF-8
#把该文件保存到/usr/bin/目录下，必要时运行dos2unix和chmod
#删除原有poscarfromcell,删除前询问
#*.cell为MS running后立即停止中生成的隐藏文件，显示隐藏文件夹后就可以看到。把该文件放到linux下工作目录内。
#运行本脚本前，需要删除.cell文件%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC后面的所有内容,如有必要，运行dos2unix *.cell
#运行时确保当前目录下仅有一个*.cell文件。
#在命令提示符下输入cell2poscar回车，生成文件为poscarfromcell.
#有好的修改建议或脚本请发邮件给：cenwanglai@163.com

rm -i poscarfromcell

echo "SYSTEM COMMENTS">>poscarfromcell
echo 1 >>poscarfromcell

#查找并输出格矢坐标
cat *.cell | grep -e '^[ ]\+[0-9]\+'>>poscarfromcell

#数氧原子个数
L=$(grep -cw "O" *.cell)

#数铈原子个数
M=$(grep -cw "Ce" *.cell)

#数X原子个数，如果需要，删掉下一行开始的#，并替换“X”
#N=$(grep -cw "X" *.cell)

#输入各类原子个数,如果需要，下行中增加$N
echo $L $M >> poscarfromcell

echo "Selective Dynamic" >>poscarfromcell
echo "Direct" >>poscarfromcell

#找氧原子O坐标。根据实际情况替换"O"
cat *.cell | awk '$1=="O" {print $2,$3,$4,"T T T"}'>>poscarfromcell

#找Ce原子坐标。根据实际情况替换"Ce"
cat *.cell | awk '$1=="Ce" {print $2,$3,$4,"T T T"}'>>poscarfromcell

#找X原子坐标，如果需要，删掉下一行开头的#,根据实际情况替换"X"
#cat *.cell | awk '$1=="X" {print $2,$3,$4,"T T T"}'>>poscarfromcell
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-11-03 13:26:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 7/350 2026-09-01 15:18 by myrtle
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 8/400 2026-09-01 12:58 by ssyjh
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 15/750 2026-09-01 12:23 by icm639
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭