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xiaowu787

木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】如何根据cell文件写poscar已有3人参与

刚开始学ASP,看论坛上高手说过可以通过MS写OSCAR。从MS 导出cell文件,还是不知道该如何写出基矢？请高手指点一下。原子的个数就是BLOCK POSITIONS_FRAC中的原子个数吗？谢谢！！

Al2O3
PBC 4.7590 4.7590 12.9910 90.0000 90.0000  120.0000 (P1)

cell文件如下：

%BLOCK LATTICE_CART
   2.747609931073429    0.000000000000000    4.330333333333333
   -1.373804965536714    2.379500000000001    4.330333333333333
   -1.373804965536714    -2.379500000000000    4.330333333333333
%ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC
  O 0.5559999999999998  -0.0559999999999999 0.2500000000000000
  O 0.2500000000000000 0.5559999999999998  -0.0559999999999999
  O  -0.0559999999999999 0.2500000000000000 0.5559999999999998
  O  -0.5559999999999998 0.0559999999999999  -0.2500000000000000
  O  -0.2500000000000000  -0.5559999999999998 0.0559999999999999
  O 0.0559999999999999  -0.2500000000000000  -0.5559999999999998
Al 0.3519999999999999 0.3519999999999999 0.3519999999999999
Al 0.1480000000000001 0.1480000000000001 0.1480000000000001
Al  -0.3519999999999999  -0.3519999999999999  -0.3519999999999999
Al 0.8520000000000000 0.8520000000000000 0.8520000000000000
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC

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1楼2010-11-02 22:53:55

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cenwanglai

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老和山猥琐派九段

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★ ★ ★
bingmou(金币+3):感谢分享 2010-11-03 14:06:48
xiaowu787(金币+5):谢谢分享！！ 2010-11-03 15:45:25

#Script for Linux. Font Code: UTF-8
#把该文件保存到/usr/bin/目录下，必要时运行dos2unix和chmod
#删除原有poscarfromcell,删除前询问
#*.cell为MS running后立即停止中生成的隐藏文件，显示隐藏文件夹后就可以看到。把该文件放到linux下工作目录内。
#运行本脚本前，需要删除.cell文件%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC后面的所有内容,如有必要，运行dos2unix *.cell
#运行时确保当前目录下仅有一个*.cell文件。
#在命令提示符下输入cell2poscar回车，生成文件为poscarfromcell.
#有好的修改建议或脚本请发邮件给：cenwanglai@163.com

rm -i poscarfromcell

echo "SYSTEM COMMENTS">>poscarfromcell
echo 1 >>poscarfromcell

#查找并输出格矢坐标
cat *.cell | grep -e '^[ ]\+[0-9]\+'>>poscarfromcell

#数氧原子个数
L=$(grep -cw "O" *.cell)

#数铈原子个数
M=$(grep -cw "Ce" *.cell)

#数X原子个数，如果需要，删掉下一行开始的#，并替换“X”
#N=$(grep -cw "X" *.cell)

#输入各类原子个数,如果需要，下行中增加$N
echo $L $M >> poscarfromcell

echo "Selective Dynamic" >>poscarfromcell
echo "Direct" >>poscarfromcell

#找氧原子O坐标。根据实际情况替换"O"
cat *.cell | awk '$1=="O" {print $2,$3,$4,"T T T"}'>>poscarfromcell

#找Ce原子坐标。根据实际情况替换"Ce"
cat *.cell | awk '$1=="Ce" {print $2,$3,$4,"T T T"}'>>poscarfromcell

#找X原子坐标，如果需要，删掉下一行开头的#,根据实际情况替换"X"
#cat *.cell | awk '$1=="X" {print $2,$3,$4,"T T T"}'>>poscarfromcell