| 查看: 2977 | 回复: 19 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
czb002金虫 (正式写手)
|
[交流]
【分享】phylip软件进化树构建使用说明 已有16人参与
|
||
|
1. 打开ClustalX软件（对序列进行比对），点击“文件”→“载入序列”；点击“比对” →“输出格式选项” →“phylip格式”前打勾；点击“比对” →“完全比对”；比对完成后，关闭程序，并将生成的带.phy后缀的文件拷贝至phylip软件包的“exe”文件夹下。 2. 打开seqboot软件，按照路径输入所拷贝的“.phy”文件，回车 3. 输入“r”，回车→输入1000，回车→输入“y”，回车→输入“5”，回车→出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序，完成seqboot（上图中的J选项代表评估方法，默认为bootstrap法进行评估，可更改选项；R选项默认多少次，输入1000表示共进行1000次的republicate）。自动生成文件“outfile”，可用记事本打开。 4. 将刚刚生成的outfile文件更名为infile1，打开dnadist软件（采用邻位相连算法构建进化树，如采用其他算法，则用其他软件），按照路径输入文件名infile1，回车 5. 输入t，回车→输入20，回车→输入m，回车→输入d，回车→输入1000，回车→输入y，回车→等待……等待……等待……时间长度视序列多寡长短及重复数多寡而不等，直到出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序（D选项为距离模式，默认为F84；T选项为点突变的“转换/颠换比率”，通常在15～30之间；M选项采用和原来一样的重复数；输入d，采用data sets）。自动生成文件outfile。 6. 将outfile重命名为infile2，打开neighnor软件（采用邻位算法），按照路径输入infile2，回车 7. 输入选项m，回车→输入1000，回车→输入奇数5，回车→输入y，回车→等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序。生成两个文件outfile和outtree。Outfile是分析结果的输出报告，可用记事本打开，outtree可用treeview打开。 8. 将outfile更名为outfile1，outtree文件更名为intree1，打开consense软件，按照路径输入intree1，回车 9. 输入y，回车→等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序。生成两个新文件outfile和outtree。Outtree就是最终结果，可用treeview软件打开观看 |
回复此楼» 猜你喜欢
求调剂，一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕
已经有4人回复
-
考研调剂
已经有9人回复
-
304材料求调剂
已经有4人回复
-
一志愿郑大085600，310分求调剂
已经有3人回复
-
317求调剂
已经有7人回复
-
复试调剂，一志愿南农083200食品科学与工程
已经有4人回复
-
一志愿太原理工安全工程300分，求调剂
已经有3人回复
-
284求调剂
已经有11人回复
-
食品工程专硕求调剂
已经有3人回复
-
324求调剂
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 大家使用哪些免费软件建立模型呢？
已经有11人回复
- 使用diamond软件出现的一个小问题，知道得哥哥姐姐们帮帮忙看看哈
已经有12人回复
- 大家都使用什么软件处理Raman数据啊？
已经有51人回复
- 细菌多样性，构建系统进化树中如何选择outgroup？急！！！！！！！
已经有15人回复
- 有木有适合win7系统的PHYLIP软件啊
已经有4人回复
- 蛋白进化树构建的序列选择原则
已经有6人回复
- 这样的进化树用什么软件制作?
已经有6人回复
- 【求助】进化树的构建到底有什么意义呢？
已经有12人回复
- 【原创】原创之七：【图文】系统进化树的构建及编辑【已搜索无重复】
已经有377人回复
- 【求助】请教生物信息学方面的专家，一个进化树构建的问题？
已经有10人回复
- 【交流】MEGA构建进化树史上最难的问题求助，必有金币酬谢
已经有8人回复
- 【求助/交流】系统进化树的构建
已经有12人回复
- 【求助/交流】有关MEGA构建进化树
已经有9人回复
- 【求助/交流】16s 构建进化树
已经有8人回复
- 【求助/交流】有没有会用PHYLIP做进化树的交流一下？
已经有10人回复
aloon111
金虫 (正式写手)
- 应助: 59 (初中生)
- 金币: 1076.3
- 散金: 81
- 红花: 22
- 帖子: 403
- 在线: 77.3小时
- 虫号: 1125061
- 注册: 2010-10-17
- 性别: GG
- 专业: 微生物资源与分类学
3楼2010-10-27 13:44:44
leizhenzi
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 4298.8
- 帖子: 484
- 在线: 76.9小时
- 虫号: 339815
- 注册: 2007-04-07
- 专业: 微生物生理与生物化学
4楼2010-10-27 13:56:42
zhenpengchen
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 916.3
- 红花: 1
- 帖子: 144
- 在线: 65.3小时
- 虫号: 1077514
- 注册: 2010-08-19
- 专业: 分子与进化生态学
5楼2010-10-27 15:14:40
aloon111
金虫 (正式写手)
- 应助: 59 (初中生)
- 金币: 1076.3
- 散金: 81
- 红花: 22
- 帖子: 403
- 在线: 77.3小时
- 虫号: 1125061
- 注册: 2010-10-17
- 性别: GG
- 专业: 微生物资源与分类学
7楼2010-10-28 09:43:25
5